PDB-8xg7: Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM1 bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xg7

タイトル

Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM1 bound to FAD and NADP

要素

Phenylacetone monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Phenylacetone Monooxygenase / FAD-binding / NADPH-binding / Monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylacetone monooxygenase / phenylacetone monooxygenase activity / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca YX (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, X. / Sun, Z.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM1 bound to FAD and NADP
著者: Li, X. / Sun, Z.T.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xg7.cif.gz	236.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xg7.ent.gz	187.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylacetone monooxygenase

ヘテロ分子

63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.770, 85.060, 94.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phenylacetone monooxygenase / PAMO / Baeyer-Villiger monooxygenase / BVMO 分子量: 61910.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア) 遺伝子: pamO, Tfu_1490 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PU3, phenylacetone monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, and 30% MPEG5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-Arc 150 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→37.9 Å / Num. obs: 44316 / % possible obs: 97.47 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.48
反射シェル	解像度: 2→2.075 Å / Num. unique obs: 4090 / CC_1/2: 0.666

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→37.9 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	2013	4.54 %
R_work	0.2345	-	-
obs	0.2362	44315	97.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4215	0	105	197	4517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	6065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.968	600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3938	135	0.3187	2741	X-RAY DIFFRACTION	90
2.05-2.11	0.3425	134	0.2927	2861	X-RAY DIFFRACTION	94
2.11-2.17	0.3241	139	0.296	2900	X-RAY DIFFRACTION	95
2.17-2.24	0.3628	145	0.2946	2939	X-RAY DIFFRACTION	96
2.24-2.32	0.3665	137	0.288	2959	X-RAY DIFFRACTION	97
2.32-2.41	0.3758	135	0.2878	2999	X-RAY DIFFRACTION	97
2.41-2.52	0.3324	148	0.2857	3015	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-2.66	0.3365	151	0.2909	3048	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.82	0.3137	144	0.2742	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.3024	143	0.2647	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.35	0.314	144	0.2489	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.83	0.2451	152	0.2085	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.82	0.1993	150	0.1815	3139	X-RAY DIFFRACTION	99
4.83-37.9	0.2127	156	0.1956	3295	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2749	0.2984	-1.5532	1.5277	-0.3358	3.6502	-0.0598	0.3251	-0.0283	0.0701	0.0061	0.1456	0.0275	-0.5797	0.0629	0.1836	-0.0308	0.0436	0.2601	-0.0204	0.2385	-14.4241	23.0152	-24.009
2	1.2664	1.0056	-0.2579	2.4738	-0.729	0.1986	-0.448	0.3202	-0.4352	-0.2416	0.3727	0.2227	0.4862	-0.5594	0.0272	0.4373	-0.1206	0.176	0.3514	-0.0994	0.4836	-9.8992	9.3943	-28.1204
3	1.1337	0.4524	0.0859	2.6718	0.0613	0.8788	0.159	-0.0909	-0.0272	0.4055	-0.17	-0.1535	-0.1908	0.0192	0.0196	0.336	-0.0684	0.0548	0.2646	-0.003	0.2475	-14.8643	15.578	-3.644
4	2.6818	0.5182	0.6423	3.0926	0.4048	2.5964	0.2266	-0.2885	-0.1264	0.9521	-0.3914	-0.5752	-0.1087	0.2963	0.1043	0.6686	-0.1834	-0.192	0.4129	0.081	0.4069	-2.8278	12.8244	8.9604
5	1.312	0.6051	-0.0346	4.7954	0.1244	0.7529	0.0331	-0.2359	0.0548	0.8141	-0.2661	0.0227	-0.1507	-0.0043	0.2712	0.4361	-0.1054	0.0429	0.3782	0.0128	0.2295	-17.3876	0.7445	2.8088
6	2.076	1.995	-2.6015	2.3317	-2.1212	3.5182	-0.1118	-0.0225	-0.2862	-0.1247	-0.065	-0.1408	0.213	0.1079	0.2167	0.3533	-0.0048	0.1154	0.3103	0.0044	0.5003	-13.392	-1.5758	-15.1514
7	2.5016	0.8038	-0.7979	2.9199	-0.8536	1.228	-0.0511	-0.2479	-0.5086	0.0843	-0.041	-0.1343	0.4373	0.1092	0.1594	0.313	0.0055	0.1171	0.2505	0.0238	0.4631	3.5283	13.7687	-25.1278
8	2.4449	0.4964	-0.4481	2.0121	-0.9343	4.2738	0.0462	-0.2108	-0.2987	0.1794	-0.2138	-0.4343	0.1349	0.472	0.1613	0.2057	-0.0164	0.0253	0.2341	0.0064	0.3867	7.1318	21.0723	-21.4458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 135 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 136 through 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 269 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 270 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 367 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 368 through 406 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 407 through 443 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 444 through 541 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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