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- PDB-8xfy: The Crystal Structure of RSK2 from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xfy
タイトルThe Crystal Structure of RSK2 from Biortus.
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / Cell cycle / Stress response / ATP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / central nervous system development / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / magnesium ion binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Lin, D. / Pan, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of RSK2 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Lin, D. / Pan, W.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
C: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
D: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
E: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
F: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
G: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
H: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
I: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
J: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,05120
ポリマ－369,36710
非ポリマー3,68410
水3,099172
1
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3052
ポリマ－36,9371
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.063, 273.373, 170.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.135, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ribosomal protein S6 kinase alpha-3


分子量: 36936.723 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA3 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P51812
#2: 化合物
ChemComp-A1LU8 / 2,6-bis(fluoranyl)-4-[4-(4-morpholin-4-ylphenyl)pyridin-3-yl]phenol


分子量: 368.377 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H18F2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium malonate pH6.75, 18% PEG 3350 / Temp details: 293

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979514 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.213 Å / Num. obs: 50864 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.947 / Num. unique obs: 4397

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→48.213 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / WRfactor Rfree: 0.283 / WRfactor Rwork: 0.206 / SU B: 35.418 / SU ML: 0.574 / Average fsc free: 0.9389 / Average fsc work: 0.9651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.67 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3027 2573 5.063 %
Rwork0.2289 48250 -
all0.233 --
obs-50823 99.394 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.355 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.03 Å2-0 Å21.225 Å2
2--1.187 Å20 Å2
3---1.748 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21768 0 270 172 22210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01222573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01621880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7371.65930360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2511.5850468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60952654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.5259.369206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15104143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.599101017
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.23237
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0225777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.24389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.221510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.210844
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.211667
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1540.274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1340.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1350.220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7395.37810706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7395.37810706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1679.65513330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1679.65513331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2655.45811867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2655.45811868
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4019.99217030
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4019.99217031
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.74850.8724790
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.74850.87424789
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.2-3.2830.4121800.32335520.32737450.8780.92799.65290.294
3.283-3.3720.3281860.29235500.29437490.9270.94599.65320.262
3.372-3.470.3441750.28333600.28635400.9180.94899.85880.249
3.47-3.5760.3411600.26632130.2733800.9230.95499.79290.234
3.576-3.6920.2951620.25832330.2633990.9390.9699.88230.23
3.692-3.8210.3071770.23731220.24133110.940.96699.63760.214
3.821-3.9640.3161540.22828790.23230430.9380.96899.67140.206
3.964-4.1250.2581670.20828500.2130300.9610.97499.5710.189
4.125-4.3070.2751460.19628190.229780.9540.97899.56350.177
4.307-4.5160.2741180.18225320.18626640.9570.98199.47450.171
4.516-4.7570.2861460.19425320.19926940.9530.97999.40610.182
4.757-5.0430.2771500.17823100.18424680.9680.98399.67580.165
5.043-5.3870.3151010.22921600.23323200.9380.97297.45690.214
5.387-5.8130.299970.22421000.22822340.9370.97598.34380.206
5.813-6.3580.347850.21818950.22319810.9360.97699.94950.196
6.358-7.0930.312960.21117530.21618600.9580.97499.40860.193
7.093-8.1610.256990.19515140.19916210.9680.98199.50650.187
8.161-9.9240.273720.19312730.19613520.9570.98899.48230.195
9.924-13.7470.241580.20910050.21110880.9730.98397.70220.214
13.747-48.2130.42440.3675980.3716600.8710.93897.27270.372

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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