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- PDB-8xfx: Archaeal exosome subcomplex (Rrp41-Rrp42) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xfx
タイトルArchaeal exosome subcomplex (Rrp41-Rrp42)
要素Exosome complex component Rrp41,Exosome complex component Rrp42
キーワードHYDROLASE / Subcomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic exosome (RNase complex) / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, H.S. / Park, S.H. / Kim, S.H. / Hwang, K.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Rrp4 Subunit from the Crystal Structure of the Thermoplasma acidophilum Exosome.
著者: Park, S. / Kim, H.S. / Bang, K. / Han, A. / Shin, B. / Seo, M. / Kim, S. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component Rrp41,Exosome complex component Rrp42
B: Exosome complex component Rrp41,Exosome complex component Rrp42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2506
ポリマ－111,8702
非ポリマー3804
水5,134285
1
A: Exosome complex component Rrp41,Exosome complex component Rrp42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2204
ポリマ－55,9351
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
2
B: Exosome complex component Rrp41,Exosome complex component Rrp42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0302
ポリマ－55,9351
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.587, 164.587, 164.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Exosome complex component Rrp41,Exosome complex component Rrp42


分子量: 55935.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
遺伝子: rrp41, Ta1293, rrp42, Ta1294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HIP2, UniProt: Q9HIP1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium acetate trihydrate, ammonium sulfate and 20% glycerol, pH 4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.3 Å / Num. obs: 65773 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3228

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.1 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 2027 3.08 %
Rwork0.2045 --
obs0.2054 65744 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7105 0 20 285 7410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8559765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6071023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061278
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3445 143 -
Rwork0.323 4495 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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