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- PDB-8xfw: Crystal structure of MiCGT(M148A/V190T/S121D) in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xfw
タイトルCrystal structure of MiCGT(M148A/V190T/S121D) in complex with UDP
要素UDP-glycosyltransferase 13
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylosyltransferase activity / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
: / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mangifera indica (マンゴウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1000561844 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Zhou, Z.Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An efficient C-glycoside production platform enabled by rationally tuning the chemoselectivity of glycosyltransferases.
著者: Li, M. / Zhou, Y. / Wen, Z. / Ni, Q. / Zhou, Z. / Liu, Y. / Zhou, Q. / Jia, Z. / Guo, B. / Ma, Y. / Chen, B. / Zhang, Z.M. / Wang, J.B.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 13
B: UDP-glycosyltransferase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3133
ポリマ－101,9092
非ポリマー4041
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.194, 103.617, 110.195
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 13 / MiUGT13 / C-glycosyltransferase / MiCGT


分子量: 50954.281 Da / 分子数: 2 / 変異: S121P, M148A, V190T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mangifera indica (マンゴウ) / 遺伝子: CGT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0M4KE44, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 7
詳細: 200mM calcium acetate,100mM tris (PH 6.5-7.5),PEG 3000 16%-22%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→29.97 Å / Num. obs: 37033 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 55.5650163647 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル解像度: 3.1→3.211 Å / Num. unique obs: 6919 / CC1/2: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データ削減
PHASES位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1000561844→29.97 Å / SU ML: 0.417611062628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34757244333 / 位相誤差: 23.364801161
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239484511891 2585 6.98026084843 %
Rwork0.191873487858 34448 -
obs0.195197003472 37033 99.0054805507 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.4026683338 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1000561844→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6658 0 25 0 6683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003607969469846854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8177588562639371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02947735856491082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003862387443361205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20854581512381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.15970.4554098891631280.3311952314031736X-RAY DIFFRACTION89.1866028708
3.1597-3.22410.3083196781351320.2921323422381895X-RAY DIFFRACTION96.9392635103
3.2241-3.29420.2882389739531510.2471292409911910X-RAY DIFFRACTION100
3.2942-3.37080.2814758445381440.2326946002851898X-RAY DIFFRACTION99.70703125
3.3708-3.45510.3208424887421490.2388356048871959X-RAY DIFFRACTION99.6690307329
3.4551-3.54840.2850354847881460.2251636428051919X-RAY DIFFRACTION100
3.5484-3.65280.2552764539951340.2088483412711928X-RAY DIFFRACTION99.8063891578
3.6528-3.77060.2509602935831500.1878741129991936X-RAY DIFFRACTION99.9042145594
3.7706-3.90530.2411850217411410.1789602811411906X-RAY DIFFRACTION99.8536585366
3.9053-4.06160.1955359684631490.1768670022811955X-RAY DIFFRACTION100
4.0616-4.24630.2163934590281380.1711122502791932X-RAY DIFFRACTION99.9034749035
4.2463-4.46990.2047826225521460.1528380646221925X-RAY DIFFRACTION99.8553519769
4.4699-4.74960.2012598518731450.1517962809731927X-RAY DIFFRACTION100
4.7496-5.11580.2119896772961420.1541572955041938X-RAY DIFFRACTION99.9039385207
5.1158-5.62950.2321072564441450.1821857096441921X-RAY DIFFRACTION99.8550024166
5.6295-6.44170.2488539137151480.1984393182071937X-RAY DIFFRACTION99.7607655502
6.4417-8.10670.2481375207461530.19550187461928X-RAY DIFFRACTION99.9039846375
8-270.1881047118581440.1707164352341898X-RAY DIFFRACTION98.0787704131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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