[日本語] English
万見
- PDB-8xfm: The Crystal Structure of MNK2 from Biortus. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xfm
タイトルThe Crystal Structure of MNK2 from Biortus.
要素MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / Apoptosis / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / hemopoiesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / hemopoiesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / nuclear body / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A1LU6 / MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of MNK2 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9974
ポリマ－35,5181
非ポリマー4783
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.859, 103.859, 73.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2


分子量: 35518.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKNK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HBH9
#2: 化合物 ChemComp-A1LU6 / 5-(3-azanyl-1~{H}-indazol-6-yl)-1-[(3-chlorophenyl)methyl]pyridin-2-one


分子量: 350.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4Ac, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.013 Å / Num. obs: 14349 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 968

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.013 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 10.097 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.275 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 645 4.495 %
Rwork0.1901 13704 -
all0.193 --
obs-14349 99.951 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 62.713 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.031 Å2-0.516 Å2-0 Å2
2---1.031 Å20 Å2
3---3.346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2199 0 30 76 2305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0122291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.6683093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4151.5914875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2015277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.631515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.90910390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg4.687104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.53610116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.22009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21189
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0690.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1940.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2670.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7756.4071106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7646.4111105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.74311.4851377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.7411.4811378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8656.741185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8646.7411186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.84312.1391714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.84112.1381715
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.34861.5652594
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.34961.6012587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6670.274640.274968X-RAY DIFFRACTION99.8066
2.667-2.740.328420.269966X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.8190.265380.251973X-RAY DIFFRACTION100
2.819-2.9060.329350.256911X-RAY DIFFRACTION100
2.906-3.0010.316510.253872X-RAY DIFFRACTION100
3.001-3.1050.338400.228869X-RAY DIFFRACTION100
3.105-3.2220.22400.22829X-RAY DIFFRACTION100
3.222-3.3530.314400.23824X-RAY DIFFRACTION100
3.353-3.5010.286410.221758X-RAY DIFFRACTION100
3.501-3.6710.256290.217755X-RAY DIFFRACTION100
3.671-3.8680.279280.171713X-RAY DIFFRACTION100
3.868-4.1010.19310.163679X-RAY DIFFRACTION100
4.101-4.3810.262290.162628X-RAY DIFFRACTION100
4.381-4.7290.145240.129595X-RAY DIFFRACTION100
4.729-5.1740.164180.134548X-RAY DIFFRACTION99.8236
5.174-5.7750.286330.17497X-RAY DIFFRACTION100
5.775-6.6510.219140.181445X-RAY DIFFRACTION100
6.651-8.1010.3220.152374X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る