PDB-8xfl: The Crystal Structure of MARK4 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xfl

タイトル

The Crystal Structure of MARK4 from Biortus.

要素

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Cell cycle / Cell division / ATP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cilium organization / gamma-tubulin complex / positive regulation of protein localization to centrosome / cytoskeletal anchor activity / regulation of centrosome cycle / positive regulation of cilium assembly / microtubule bundle formation / gamma-tubulin binding / positive regulation of programmed cell death / tau-protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of MARK4 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

履歴

登録	2023年12月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xfl.cif.gz	319.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xfl.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xfl_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xfl_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	8xfl_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	8xfl_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4

B: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4

登録者が定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.447, 78.103, 86.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 122.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 51 - 367 / Label seq-ID: 11 - 327

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4 分子量: 37562.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96L34
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.53 Å / Num. obs: 13003 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / R_merge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 912

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→41.697 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 42 / SU ML: 0.468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.507 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2695	623	4.791 %
R_work	0.2066	12380	-
all	0.21	-	-
obs	-	13003	99.823 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.305 Å²	-0 Å²	1.477 Å²
2-	-	-0.638 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.534 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→41.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4688	0	0	25	4713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	4776
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.941	1.667	6422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.325	1.578	10814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.136	5	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.624	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.203	10	909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.064	10	221
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.065	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.571	4.898	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.571	4.898	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.029	8.787	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.028	8.787	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.18	5.207	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.179	5.208	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.562	9.462	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.561	9.462	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.877	58.519	19254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.877	58.519	19255
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.122	0.05	8628

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12215	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12215	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.078	0.373	39	0.283	912	X-RAY DIFFRACTION	99.5812
3.078-3.161	0.331	45	0.273	863	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.161-3.253	0.4	41	0.278	862	X-RAY DIFFRACTION	99.779
3.253-3.352	0.399	36	0.278	840	X-RAY DIFFRACTION	99.7722
3.352-3.461	0.261	36	0.26	827	X-RAY DIFFRACTION	99.7688
3.461-3.582	0.362	46	0.275	770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.582-3.716	0.258	53	0.232	735	X-RAY DIFFRACTION	99.8733
3.716-3.866	0.308	42	0.241	732	X-RAY DIFFRACTION	99.7423
3.866-4.037	0.251	31	0.216	686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.037-4.232	0.355	34	0.214	673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.232-4.458	0.258	32	0.177	633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.458-4.725	0.255	24	0.16	623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.725-5.047	0.225	39	0.153	568	X-RAY DIFFRACTION	100
5.047-5.445	0.289	20	0.192	527	X-RAY DIFFRACTION	100
5.445-5.954	0.317	22	0.195	506	X-RAY DIFFRACTION	100
5.954-6.64	0.39	18	0.227	449	X-RAY DIFFRACTION	99.7863
6.64-7.635	0.193	21	0.183	403	X-RAY DIFFRACTION	100
7.635-9.274	0.18	21	0.168	333	X-RAY DIFFRACTION	99.7183

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9018	-2.6085	1.9067	2.8212	-2.1726	2.087	-0.0577	0.1031	0.3473	0.0825	-0.1981	-0.1719	-0.2042	0.3202	0.2558	0.246	-0.0344	-0.2897	0.6396	0.0036	0.4318	-21.214	-0.179	9.388
2	2.2913	-1.8138	1.9391	2.9706	-2.8615	2.789	0.3587	0.3	-0.3947	-0.2692	-0.0153	0.3074	0.3037	0.0853	-0.3434	0.31	0.037	-0.3818	0.6537	-0.0057	0.4731	-4.306	28.498	29.127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	51 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	2		B	51 - 367

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