PDB-8xfb: Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xfb

タイトル

Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex

要素

Protein FAM91A1
WD repeat-containing protein 11

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Cryo-EM / Vesicle Trafficking / Neural Development

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle tethering to Golgi / head development / regulation of smoothened signaling pathway / axoneme / RHOH GTPase cycle / cilium assembly / ciliary basal body / intracellular protein transport / trans-Golgi network / multicellular organism growth ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Jia, G.W. / Deng, Q.H. / Su, Z.M. / Jia, D.

資金援助

中国, 6件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2022YFC2303700	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2022YFA1105200	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	92254302	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32222040	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070049	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32300578	中国

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: The WDR11 complex is a receptor for acidic-cluster-containing cargo proteins.
著者: Huaqing Deng / Guowen Jia / Ping Li / Yingying Tang / Lin Zhao / Qin Yang / Jia Zhao / Jinrui Wang / Yingfeng Tu / Xin Yong / Sitao Zhang / Xianming Mo / Daniel D Billadeau / Zhaoming Su / Da Jia /

要旨: Vesicle trafficking is a fundamental process that allows for the sorting and transport of specific proteins (i.e., "cargoes") to different compartments of eukaryotic cells. Cargo recognition ...

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xfb.cif.gz	302.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xfb.ent.gz	222.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xfb_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xfb_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8xfb_validation.xml.gz	57.2 KB	表示
CIF形式データ	8xfb_validation.cif.gz	84.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38300MC 39863C 39943C 39947C 39949C 8z9mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

D: WD repeat-containing protein 11

A: Protein FAM91A1

B: WD repeat-containing protein 11

369 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 11 分子量: 136843.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR11 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BZH6
#2: タンパク質	Protein FAM91A1 分子量: 95253.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM91A1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q658Y4

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影	電子線照射量: 52 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35698 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	12081
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.469	16387
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.102	1595
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	1889
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	2070

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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