PDB-8xey: The Crystal Structure of C-terminal kinase domain of RSK2 from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xey

タイトル

The Crystal Structure of C-terminal kinase domain of RSK2 from Biortus

要素

Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / central nervous system development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Zhang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of C-terminal kinase domain of RSK2 from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Zhang, B.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xey.cif.gz	81.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xey.ent.gz	57.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (5)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.513, 46.513, 294.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated ...S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated protein kinase 1 / ISPK-1 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPK-activated protein kinase 1b / MAPKAP kinase 1b / MAPKAPK-1b / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2 分子量: 38347.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA3, ISPK1, MAPKAPK1B, RSK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P51812, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH8.5, 25%PEG3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→49.01 Å / Num. obs: 10370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / R_merge(I) obs: 0.994 / Num. unique obs: 1336

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→45.984 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 14.576 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.387 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2803	551	5.359 %
R_work	0.2016	9730	-
all	0.206	-	-
obs	-	10281	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.143 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.143 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.285 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2480	0	11	58	2549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.651	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.5	1.567	5417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.082	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.837	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.744	10	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.353	10	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.14	5.354	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.138	5.354	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.938	8.006	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.935	8.01	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.801	5.635	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.799	5.635	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.45	8.311	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.448	8.312	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.343	64.647	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.347	64.649	2785

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.65-2.719	0.575	41	0.331	700	0.342	742	0.814	0.926	99.8652	0.304
2.719-2.793	0.445	40	0.312	657	0.32	697	0.912	0.932	100	0.28
2.793-2.874	0.289	37	0.262	667	0.264	704	0.929	0.952	100	0.229
2.874-2.962	0.282	31	0.24	636	0.242	667	0.926	0.962	100	0.212
2.962-3.058	0.313	22	0.253	642	0.255	664	0.919	0.958	100	0.218
3.058-3.165	0.243	36	0.25	598	0.25	634	0.935	0.956	100	0.21
3.165-3.284	0.339	34	0.246	594	0.251	629	0.922	0.956	99.841	0.217
3.284-3.417	0.27	42	0.227	536	0.23	578	0.949	0.966	100	0.201
3.417-3.568	0.315	40	0.208	559	0.215	599	0.938	0.971	100	0.186
3.568-3.742	0.267	25	0.207	504	0.209	529	0.968	0.974	100	0.19
3.742-3.942	0.268	29	0.213	501	0.216	530	0.953	0.972	100	0.2
3.942-4.18	0.214	38	0.182	479	0.184	517	0.965	0.977	100	0.169
4.18-4.466	0.243	29	0.152	433	0.159	462	0.969	0.985	100	0.145
4.466-4.82	0.239	18	0.132	431	0.135	449	0.973	0.988	100	0.124
4.82-5.274	0.272	18	0.14	407	0.144	425	0.952	0.988	100	0.134
5.274-5.887	0.256	26	0.155	362	0.161	388	0.962	0.984	100	0.145
5.887-6.779	0.247	17	0.176	330	0.18	347	0.967	0.979	100	0.165
6.779-8.258	0.248	16	0.18	286	0.184	302	0.973	0.979	100	0.176
8.258-11.494	0.296	9	0.149	245	0.154	254	0.954	0.984	100	0.15
11.494-45.984	0.345	3	0.267	163	0.269	166	0.926	0.95	100	0.276

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)