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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xep | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tan, J.X. / Wang, X.F. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin 著者: Tan, J.X. / Wang, X.F. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50767.090 Da / 分子数: 2 / 変異: C226A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lpg2526 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 6.0, 160 mM ammonium sulfate, 21% PEG 4000, 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.95→49.38 Å / Num. obs: 25049 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 146652 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.12 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Num. measured all: 23533 / Num. unique obs: 3946 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.368 / Rrim(I) all: 0.91 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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