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万見
- PDB-8xee: Human DNMT3B mutant-R823G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xee
タイトルHuman DNMT3B mutant-R823G
要素
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase / DNA methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / transposable element silencing by heterochromatin formation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / genomic imprinting / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates ...epigenetic programing of female pronucleus / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / transposable element silencing by heterochromatin formation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / genomic imprinting / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / male meiosis I / catalytic complex / heterochromatin / DNA methylation / enzyme activator activity / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / stem cell differentiation / placenta development / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / spermatogenesis / methylation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Cho, C.-C. / Yuan, H.S.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanisms for DNA methylation defects induced by ICF syndrome-linked mutations in DNMT3B.
著者: Cho, C.C. / Fei, C.Y. / Jiang, B.C. / Yang, W.Z. / Yuan, H.S.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8646
ポリマ－112,0954
非ポリマー7692
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)194.107, 194.107, 49.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / DNA MTase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 32420.523 Da / 分子数: 2 / 変異: R823G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like


分子量: 23627.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJW3
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HEPES (pH 7.5), MgCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→30 Å / Num. obs: 40728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.9713 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.03-3.144.60.48540650.9050.9750.2520.5481.215100
3.14-3.264.70.42740690.90.9730.220.4811.215100
3.26-3.414.70.27240680.9550.9880.140.3061.127100
3.41-3.594.90.17441030.9780.9940.0880.1961.086100
3.59-3.8250.12340880.9880.9970.0610.1371.067100
3.82-4.115.10.09840590.9940.9980.0480.1091.069100
4.11-4.525.40.06740940.9960.9990.0320.0741.066100
4.52-5.175.70.05240340.9980.9990.0240.0570.998100
5.17-6.515.90.04340850.99910.0190.0471.05100
6.51-305.80.0254063110.0110.0271.00399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.03→26.92 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 1984 4.88 %
Rwork0.2151 --
obs0.2161 40683 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→26.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7497 0 52 0 7549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52910476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9272905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.03-3.10.37511480.30292765X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.190.3141480.28432734X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.280.2711460.27522788X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.390.2911360.26512729X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.510.28291360.24922817X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.650.25311460.22772730X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.810.24421500.21362801X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.010.2361470.23642730X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.270.26361350.20452756X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.590.19351340.18842778X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.050.2211340.19512785X-RAY DIFFRACTION100
5.05-5.780.23241400.20822754X-RAY DIFFRACTION100
5.79-7.250.21121380.21032788X-RAY DIFFRACTION100
7.26-26.920.18561460.17572744X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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