+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xbd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GH18 family chitinase from cold seep metagenome | ||||||
要素 | GH18 chitinase-like superfamily protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycoside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | uncultured bacterium (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, J. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: GH18 family chitinase from cold seep metagenome 著者: Yang, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xbd.cif.gz | 166.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8xbd.ent.gz | 130.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xbd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xbd_validation.pdf.gz | 440.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8xbd_full_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8xbd_validation.xml.gz | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xbd_validation.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/8xbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/8xbd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44819.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142DUU5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.15 M potassium bromide, 30% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→19.09 Å / Num. obs: 33470 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 181837 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. measured all: 10362 / Num. unique obs: 3509 / CC1/2: 0.718 / Rpim(I) all: 0.366 / Rrim(I) all: 0.648 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.09 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.09 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|