+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xb4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of apo state of the human Norepinephrine Transporter | ||||||
要素 | GFP-MBP-solute carrier family 6 member 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport ...neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport / neurotransmitter transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / response to pain / detection of maltose stimulus / amino acid transport / maltose transport complex / neuronal cell body membrane / beta-tubulin binding / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / alpha-tubulin binding / sodium ion transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / neuron cellular homeostasis / presynaptic membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / actin binding / chemical synaptic transmission / periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / axon / DNA damage response / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, J.X. / Ji, W.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural mechanism of substrate binding and inhibition of the human Norepinephrine Transporter 著者: Ji, W.M. / Wu, J.X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xb4.cif.gz | 124.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8xb4.ent.gz | 83.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xb4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xb4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8xb4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xb4_validation.xml.gz | 31.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xb4_validation.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/8xb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/8xb4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38210MC 8xb3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138697.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) 遺伝子: SLC6A2, malE / 株: K-12 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P23975 |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NET / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194295 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: P23975 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|