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- PDB-8xat: Crystal structure of AtARR1(RD-DBD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xat
タイトルCrystal structure of AtARR1(RD-DBD)
要素Two-component response regulator ARR1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / cytokinin / phosphorelay / B-ARR
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cytokinin stimulus / regulation of cytokinin-activated signaling pathway / regulation of seed growth / callus formation / primary root development / regulation of anthocyanin metabolic process / maintenance of shoot apical meristem identity / axillary shoot meristem initiation / shoot system development / regulation of root meristem growth ...cellular response to cytokinin stimulus / regulation of cytokinin-activated signaling pathway / regulation of seed growth / callus formation / primary root development / regulation of anthocyanin metabolic process / maintenance of shoot apical meristem identity / axillary shoot meristem initiation / shoot system development / regulation of root meristem growth / response to cytokinin / regulation of chlorophyll biosynthetic process / cytokinin-activated signaling pathway / root development / response to water deprivation / phosphorelay response regulator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Response regulator B-type, plant / Two-component response regulator ARR-like / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT/Myb domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Response regulator B-type, plant / Two-component response regulator ARR-like / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT/Myb domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component response regulator ARR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.205 Å
データ登録者Li, J.X. / Zhou, C.M. / Zhang, P. / Wang, J.W.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32388201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31721001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32025020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870720 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The structure of B-ARR reveals the molecular basis of transcriptional activation by cytokinin.
著者: Zhou, C.M. / Li, J.X. / Zhang, T.Q. / Xu, Z.G. / Ma, M.L. / Zhang, P. / Wang, J.W.
履歴
登録2023年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator ARR1
B: Two-component response regulator ARR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5372
ポリマ－66,5372
非ポリマー00
水6,089338
1
A: Two-component response regulator ARR1

A: Two-component response regulator ARR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5372
ポリマ－66,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
B: Two-component response regulator ARR1

B: Two-component response regulator ARR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5372
ポリマ－66,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.108, 136.158, 141.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Two-component response regulator ARR1


分子量: 33268.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q940D0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 2% (v/v) Polyethylene Glycol (PEG) 400, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.205→36.554 Å / Num. obs: 35713 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.205→2.284 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique obs: 3409

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8XAS

8xas


解像度: 2.205→36.554 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1996 5.59 %
Rwork0.1913 --
obs0.193 35682 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.205→36.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3025 0 0 338 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5724141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.3461195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.205-2.25980.27341340.21552239X-RAY DIFFRACTION94
2.2598-2.32090.26231430.20842385X-RAY DIFFRACTION99
2.3209-2.38910.22391370.20082372X-RAY DIFFRACTION100
2.3891-2.46620.27311400.19322391X-RAY DIFFRACTION100
2.4662-2.55440.25951450.20152413X-RAY DIFFRACTION100
2.5544-2.65660.2171360.19992388X-RAY DIFFRACTION100
2.6566-2.77750.23291470.20032402X-RAY DIFFRACTION100
2.7775-2.92390.271470.21052406X-RAY DIFFRACTION100
2.9239-3.1070.23281410.20062399X-RAY DIFFRACTION100
3.107-3.34670.22031430.19172430X-RAY DIFFRACTION100
3.3467-3.68320.21211500.17972421X-RAY DIFFRACTION100
3.6832-4.21550.18681390.16082441X-RAY DIFFRACTION100
4.2155-5.30850.17331440.16222474X-RAY DIFFRACTION100
5.3085-36.5540.24631500.22842525X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.7028 Å / Origin y: -22.0661 Å / Origin z: -20.9931 Å
111213212223313233
T0.195 Å20.0526 Å2-0.0706 Å2-0.2145 Å2-0.0328 Å2--0.201 Å2
L0.9058 °20.3398 °2-0.3651 °2-0.9584 °20.0042 °2--0.7143 °2
S0.1564 Å °0.0396 Å °-0.0537 Å °0.0834 Å °-0.0774 Å °-0.1429 Å °-0.0594 Å °-0.1185 Å °-0.0794 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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