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- PDB-8xap: Thermostable and acid-tolerant DNA-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xap
タイトルThermostable and acid-tolerant DNA-binding protein
要素DNA binding protein alba-1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Thermostable / Acid-tolerant DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / chromosome / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Alba / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA binding protein alba-1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, C.Y. / Huang, C.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U22A20551 中国
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Dual dimeric interactions in the nucleic acid-binding protein Sac10b lead to multiple bridging of double-stranded DNA.
著者: Tang, S. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Lin, K.F. / Chang, Y.C. / Lin, P.Y. / Sun, L. / Chen, C.Y.
履歴
登録2023年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA binding protein alba-1
B: DNA binding protein alba-1
C: DNA binding protein alba-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9363
ポリマ－31,9363
非ポリマー00
水4,107228
1
A: DNA binding protein alba-1

C: DNA binding protein alba-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2912
ポリマ－21,2912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
2
B: DNA binding protein alba-1

B: DNA binding protein alba-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2912
ポリマ－21,2912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.253, 68.922, 173.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-153-

HOH

21B-290-

HOH

31B-295-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA binding protein alba-1


分子量: 10645.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
遺伝子: Saci_1321 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J974
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate, pH 4.6, 2.0M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 32123 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.026 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.439 / Num. unique obs: 3197 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.2 / Rsym value: 0.467

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.61 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 1651 5.15 %
Rwork0.207 30434 -
obs0.209 32085 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.75 Å2 / Biso mean: 41.3883 Å2 / Biso min: 17.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 0 234 2311
Biso mean---46.83 -
残基数----250
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.750.25681480.241625222670100
1.75-1.810.28321430.229524952638100
1.81-1.870.25251490.223525262675100
1.87-1.940.2711390.230525132652100
1.94-2.030.24911430.209125432686100
2.03-2.140.25931240.210825322656100
2.14-2.270.22841340.214625542688100
2.27-2.450.25761410.210125552696100
2.45-2.70.29011450.227925542699100
2.7-3.090.27211210.22625812702100
3.09-3.890.23631340.19182595272999
3.89-29.610.21491300.19132464259490
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5038-1.87691.85714.7159-0.81054.71110.08230.45620.2445-0.0919-0.1555-0.2999-0.16310.56160.06990.22810.0343-0.02590.31260.01860.24732.87525.583-23.608
22.1628-0.0712-0.1281.9074-1.21774.273-0.02170.03640.133-0.0825-0.0699-0.0297-0.23520.15450.07010.23470.0099-0.01120.12010.00370.21939.42510.809-2.213
33.6468-1.09960.50242.3887-2.09528.6166-0.09850.39080.1557-0.1546-0.02840.09870.0185-0.25960.09190.3028-0.0121-0.09470.3113-0.00350.31387.227-1.665-31.335
40.6101-0.57650.10960.59-0.34231.34410.05310.02130.037-0.0535-0.0792-0.0125-0.10070.05430.00050.3108-0.0317-0.02920.27-0.01240.33166.31710.183-13.023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 5:90 )A5 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 5:90 )B5 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 6:88 )C6 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:161 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:313 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:154 )A101 - 161
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:161 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:313 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:154 )B201 - 313
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:161 ) OR ( CHAIN B AND RESID 201:313 ) OR ( CHAIN C AND RESID 101:154 )C101 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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