PDB-8xam: Co-crystal structure of compound 7 in complex with MAT2A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xam

タイトル

Co-crystal structure of compound 7 in complex with MAT2A

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE / MAT2A inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Gao, F. / Ding, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of novel MAT2A inhibitors by an allosteric site-compatible fragment growing approach.
著者: Gao, F. / Ding, X. / Cao, Z. / Zhu, W. / Fan, Y. / Steurer, B. / Wang, H. / Cai, X. / Zhang, M. / Aliper, A. / Ren, F. / Ding, X. / Zhavoronkov, A.

履歴

登録	2023年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xam.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xam.ent.gz	148.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xam_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xam_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8xam_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	8xam_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/8xam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/8xam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

85.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.968, 94.043, 116.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-856- HOH
2	1	A-881- HOH
3	1	B-876- HOH

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 42001.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia phage EcWhh-1 (ファージ) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-XRH / 2-[3-[7-chloranyl-4-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-quinazolin-1-yl]phenoxy]-~{N}-[3-[7-chloranyl-4-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-quinazolin-1-yl]phenyl]ethanamide / 3-CARBAMIMIDOYL-1-(PYRIDIN-3-YLCARBAMOYLMETHYL)-1H-INDOLE-7-CARBOXYLIC ACID PYRIDIN-3-YLAMIDE 分子量: 670.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₂₉Cl₂N₇O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, (18%-20%) PEG6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 1.1807 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1807 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→47.02 Å / Num. obs: 169065 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 7991 / CC_1/2: 0.931

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→40.119 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.529 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1427	8426	4.984 %
R_work	0.1213	160636	-
all	0.122	-	-
obs	-	169062	93.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.491 Å²	0 Å²	0.014 Å²
2-	-	-0.241 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.119 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5882	0	101	1098	7081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	6323
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.999	1.666	8621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.595	1.597	13813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.882	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.957	22.212	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.373	15	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.015	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	7223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	6016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.283	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.236	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.007	0.952	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.007	0.952	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.462	1.432	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.462	1.432	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.157	1.189	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.157	1.189	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.184	1.701	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.183	1.701	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.304	13.923	7778
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.834	12.429	7354

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.185	632	0.163	11375	X-RAY DIFFRACTION	90.1765
1.334-1.37	0.202	475	0.161	11230	X-RAY DIFFRACTION	90.596
1.37-1.41	0.177	592	0.146	10851	X-RAY DIFFRACTION	90.8968
1.41-1.453	0.157	585	0.139	10598	X-RAY DIFFRACTION	91.709
1.453-1.501	0.139	567	0.127	10389	X-RAY DIFFRACTION	92.2145
1.501-1.554	0.138	556	0.12	10078	X-RAY DIFFRACTION	92.7599
1.554-1.612	0.127	492	0.112	9820	X-RAY DIFFRACTION	93.2116
1.612-1.678	0.138	463	0.112	9494	X-RAY DIFFRACTION	93.7041
1.678-1.753	0.133	459	0.113	9193	X-RAY DIFFRACTION	94.221
1.753-1.838	0.142	419	0.115	8838	X-RAY DIFFRACTION	94.856
1.838-1.938	0.145	453	0.117	8357	X-RAY DIFFRACTION	95.3566
1.938-2.055	0.137	443	0.117	8031	X-RAY DIFFRACTION	95.7731
2.055-2.197	0.127	428	0.113	7512	X-RAY DIFFRACTION	96.3125
2.197-2.373	0.13	411	0.11	7051	X-RAY DIFFRACTION	96.7834
2.373-2.599	0.106	353	0.101	6546	X-RAY DIFFRACTION	97.128
2.599-2.905	0.143	300	0.109	5961	X-RAY DIFFRACTION	97.7823
2.905-3.354	0.134	251	0.121	5329	X-RAY DIFFRACTION	98.1876
3.354-4.105	0.15	240	0.113	4519	X-RAY DIFFRACTION	98.4281
4.105-5.796	0.151	190	0.132	3511	X-RAY DIFFRACTION	98.9572

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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