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- PDB-8xag: Crystal structure of the chromodomain of Arabidopsis LHP1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xag
タイトルCrystal structure of the chromodomain of Arabidopsis LHP1 in complex with histone H3.3K27me3 peptide
要素
  • Chromo domain-containing protein LHP1
  • histone H3.3K27me3 peptide
キーワードGENE REGULATION / LHP1 / H3.3K27me3
機能・相同性
機能・相同性情報


rDNA protrusion / photoperiodism / vernalization response / shoot system morphogenesis / negative regulation of flower development / GTP cyclohydrolase II activity / multidimensional cell growth / photoperiodism, flowering / flower development / negative regulation of gene expression, epigenetic ...rDNA protrusion / photoperiodism / vernalization response / shoot system morphogenesis / negative regulation of flower development / GTP cyclohydrolase II activity / multidimensional cell growth / photoperiodism, flowering / flower development / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / : / chloroplast / euchromatin / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / chromatin organization / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chromo domain-containing protein LHP1 / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain ...Chromo domain-containing protein LHP1 / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Chromo domain-containing protein LHP1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, Y. / Huang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171186 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the chromodomain of Arabidopsis LHP1 in complex with histone H3.3K27me3 peptide
著者: Liu, Y. / Huang, Y.
履歴
登録2023年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromo domain-containing protein LHP1
B: Chromo domain-containing protein LHP1
C: histone H3.3K27me3 peptide
D: histone H3.3K27me3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1214
ポリマ－17,1214
非ポリマー00
水3,189177
1
A: Chromo domain-containing protein LHP1
C: histone H3.3K27me3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5612
ポリマ－8,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
2
B: Chromo domain-containing protein LHP1
D: histone H3.3K27me3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5612
ポリマ－8,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.370, 90.623, 63.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chromo domain-containing protein LHP1


分子量: 7685.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q946J8
#2: タンパク質・ペプチド histone H3.3K27me3 peptide / Histone H3.2


分子量: 875.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59169
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.6, 20% PEG 4000, 16% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 18308 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Num. unique obs: 1707

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→27.42 Å / SU ML: 0.2509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.5746
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1827 10 %
Rwork0.2274 16445 -
obs0.2297 18272 93.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 0 177 1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00281116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65061508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4759154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80.40481160.36151050X-RAY DIFFRACTION79.37
1.8-1.850.35371380.32711241X-RAY DIFFRACTION93.24
1.85-1.910.34871420.30621262X-RAY DIFFRACTION94.93
1.91-1.980.31651400.26791268X-RAY DIFFRACTION95.72
1.98-2.060.26811410.27351262X-RAY DIFFRACTION94.35
2.06-2.150.28651380.23031238X-RAY DIFFRACTION93.86
2.15-2.260.26641420.23231270X-RAY DIFFRACTION94.51
2.26-2.40.27451380.23311245X-RAY DIFFRACTION93.32
2.4-2.590.30411380.24411254X-RAY DIFFRACTION93.42
2.59-2.850.30721420.23721278X-RAY DIFFRACTION93.73
2.85-3.260.22521440.22781296X-RAY DIFFRACTION94.86
3.26-4.10.19551480.19621338X-RAY DIFFRACTION98.09
4.11-27.420.20951600.19481443X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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