PDB-8xaa: Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xaa

タイトル

Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B

要素

Histone H2A
Histone H2B 1.1
Nucleosome Assembly Protein

キーワード

CHAPERONE / NAP1 / H2A-H2B / H3-H4 / histone chaperone / nucleosome

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Li, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B
著者: Li, X.

履歴

登録	2023年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xaa.cif.gz	978.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xaa.ent.gz	817 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/8xaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/8xaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (11) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Nucleosome Assembly Protein

B: Nucleosome Assembly Protein

E: Nucleosome Assembly Protein

F: Nucleosome Assembly Protein

I: Histone H2A

J: Histone H2B 1.1

C: Nucleosome Assembly Protein

D: Nucleosome Assembly Protein

G: Nucleosome Assembly Protein

H: Nucleosome Assembly Protein

K: Histone H2A

L: Histone H2B 1.1

323 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleosome Assembly Protein

B: Nucleosome Assembly Protein

E: Nucleosome Assembly Protein

F: Nucleosome Assembly Protein

I: Histone H2A

J: Histone H2B 1.1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nucleosome Assembly Protein

D: Nucleosome Assembly Protein

G: Nucleosome Assembly Protein

H: Nucleosome Assembly Protein

K: Histone H2A

L: Histone H2B 1.1

登録者が定義した集合体
161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.489, 92.926, 119.354
Angle α, β, γ (deg.)	104.10, 106.24, 94.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleosome Assembly Protein 分子量: 34989.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: nap-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q19007
#2: タンパク質	Histone H2A 分子量: 10133.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#3: タンパク質	Histone H2B 1.1 / H2B1.1 分子量: 11165.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 41381 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.162 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 126269

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.35-3.41	2.9	0.785	2164	0.529	0.832	0.543	0.96	0.965	96.7
3.41-3.47	2.9	0.667	2080	0.542	0.839	0.462	0.816	0.96	96
3.47-3.54	3	0.625	2126	0.596	0.864	0.437	0.767	1.036	96
3.54-3.61	3	0.56	2123	0.587	0.86	0.396	0.691	0.965	95.6
3.61-3.69	3	0.475	2134	0.616	0.873	0.332	0.583	1.016	96
3.69-3.77	3	0.406	2091	0.69	0.904	0.285	0.499	0.977	95
3.77-3.87	3	0.399	2093	0.726	0.917	0.278	0.489	1.022	95.1
3.87-3.97	3.1	0.317	2101	0.832	0.953	0.219	0.388	0.994	94.6
3.97-4.09	3.1	0.25	2080	0.877	0.967	0.171	0.305	0.959	93.7
4.09-4.22	3.1	0.241	2037	0.877	0.967	0.165	0.293	0.991	92.8
4.22-4.37	3	0.212	2054	0.895	0.972	0.147	0.26	1	91.6
4.37-4.55	3	0.169	1962	0.925	0.98	0.117	0.207	1.048	89.8
4.55-4.75	2.9	0.143	1796	0.945	0.986	0.1	0.175	1.007	81.3
4.75-5	3.1	0.13	2051	0.945	0.986	0.089	0.158	1.008	92.3
5-5.32	3.1	0.134	2150	0.954	0.988	0.091	0.163	0.941	96.9
5.32-5.73	3.1	0.128	2144	0.961	0.99	0.086	0.155	0.909	97.1
5.73-6.3	3.2	0.111	2109	0.964	0.991	0.075	0.135	0.972	95.3
6.3-7.21	3.1	0.074	2095	0.984	0.996	0.05	0.09	0.841	94.5
7.21-9.08	3	0.042	1937	0.994	0.999	0.029	0.051	0.748	87.7
9.08-50	3.2	0.029	2054	0.995	0.999	0.021	0.036	0.733	92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.35→45.93 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2613	1713	4.86 %
R_work	0.2037	-	-
obs	0.2066	35242	78.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→45.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19338	0	0	0	19338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	19726
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	26706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.15	2574
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3006
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3484

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.35-3.45	0.311	44	0.254	939	X-RAY DIFFRACTION	26
3.45-3.56	0.3145	84	0.2363	1817	X-RAY DIFFRACTION	51
3.56-3.69	0.3061	122	0.2297	2279	X-RAY DIFFRACTION	64
3.69-3.84	0.2913	132	0.2372	2728	X-RAY DIFFRACTION	76
3.84-4.01	0.2988	159	0.225	3033	X-RAY DIFFRACTION	85
4.01-4.23	0.2642	167	0.2009	3200	X-RAY DIFFRACTION	89
4.23-4.49	0.2652	159	0.1869	3164	X-RAY DIFFRACTION	90
4.49-4.84	0.2402	136	0.1783	2989	X-RAY DIFFRACTION	83
4.84-5.32	0.2437	198	0.189	3412	X-RAY DIFFRACTION	96
5.32-6.09	0.3001	190	0.2223	3412	X-RAY DIFFRACTION	96
6.09-7.67	0.2818	135	0.2156	3408	X-RAY DIFFRACTION	94
7.67-45.93	0.2048	187	0.1781	3148	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7557	0.1918	-0.7707	1.6667	0.1583	1.2635	0.0666	-0.1088	-0.0617	-0.053	-0.0427	-0.1055	-0.099	-0.0679	-0.0109	0.2339	0.0443	-0.0805	0.1023	0.0134	0.191	-15.9128	-38.4287	-7.5204
2	4.4071	-1.377	-1.1073	1.653	0.0404	0.4253	0.1906	0.3179	0.2994	-0.1875	-0.0462	0.0377	-0.1665	-0.0765	-0.1569	0.2343	-0.1202	-0.0671	0.2802	0.0431	0.3742	-44.3535	-33.7656	-8.5286
3	4.0082	1.7849	-1.2119	2.8837	-1.2486	4.048	0.2604	-0.8253	0.1662	0.5444	-0.5262	-0.3518	-0.6707	0.4789	0.2598	0.6406	-0.0423	-0.2046	0.4646	0.0736	0.5552	5.7221	-0.0526	51.7631
4	1.7001	-0.083	1.2098	2.8191	-0.6609	2.2589	-0.002	-0.4656	-0.0205	-0.0508	-0.15	0.76	-0.0302	-0.6791	0.15	0.4795	0.0142	0.1153	0.5143	-0.1974	0.9033	-19.901	-10.6059	45.6109
5	2.9029	-0.6522	0.8077	3.1365	1.7728	5.1757	-0.1179	-0.2123	0.0376	0.2401	0.0714	0.1655	0.2894	0.149	0.0485	0.5617	-0.0248	0.0398	0.1753	0.152	0.486	-18.7642	-12.0704	-4.0487
6	2.8998	0.9146	0.2701	3.2888	1.5452	4.1987	-0.1683	0.1767	0.5189	-0.4878	-0.1595	0.2784	-0.371	-0.2221	0.3285	0.5689	0.062	-0.0414	0.2333	0.1181	0.5912	-21.7716	-10.9129	-9.4137
7	4.4093	-0.0445	-0.9715	1.8236	-0.7661	3.2939	0.1098	0.1032	-0.2757	0.0659	0.0123	-0.2065	0.4333	-0.1896	-0.0895	0.3882	0.0204	-0.0812	0.1452	0.035	0.3745	-0.9399	-45.3223	26.5587
8	4.059	0.9133	-1.454	2.3459	-1.4525	2.4033	0.1503	-0.9587	-0.4939	0.3777	0.1479	0.2415	0.1933	-0.5638	-0.2907	0.6555	-0.0195	-0.1015	0.8555	0.0236	0.3979	-16.4951	-52.5022	49.3872
9	1.7992	0.4899	-0.8851	1.2242	-0.2189	2.0211	0.1461	0.5238	0.733	-0.4095	0.0149	0.1018	-0.5471	-0.404	-0.1385	1.0081	0.1936	-0.0404	0.523	0.2004	0.8401	-33.3441	-85.2631	-26.4543
10	3.3081	0.4342	-2.3993	0.9579	-0.1014	2.2861	0.4503	-0.1749	0.6913	-0.15	-0.2382	0.1077	-0.7436	-0.1126	-0.2349	0.8388	0.0949	0.0623	0.5324	0.0061	0.9883	-44.3377	-79.7772	-0.9792
11	2.4115	0.2161	-1.4809	5.9049	-0.9391	7.3201	-0.1163	0.5051	0.5967	-0.9192	0.3935	0.2765	-0.0316	-1.1485	-0.2688	0.6704	0.046	-0.2117	0.5936	0.2956	1.1794	0.23	-73.7325	22.2177
12	4.5512	0.6301	-1.195	7.5702	-1.1959	3.98	-0.3567	0.7562	1.0229	-0.4296	0.2747	-0.0028	-0.1497	-0.3007	0.0779	0.7988	-0.0649	-0.0573	0.3881	0.2651	0.978	3.1807	-74.0056	27.816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 12 through 296)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 8 through 296)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'E' and resid 12 through 295)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'F' and resid 10 through 293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'I' and resid 15 through 99)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'J' and resid 33 through 121)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'C' and resid 12 through 296)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'D' and resid 10 through 295)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'G' and resid 10 through 294)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'H' and resid 10 through 293)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 18 through 99)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 32 through 121)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)