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万見
- PDB-8x9v: Crystal structure of Xanthomonas oryzae pv. oryzae NADH-quinone o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x9v
タイトルCrystal structure of Xanthomonas oryzae pv. oryzae NADH-quinone oxidoreductase subunits NuoE and NuoF
要素(NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / cellular respiration / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / SLBB domain / : / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region ...Soluble ligand binding domain / SLBB domain / : / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Li, L. / Ran, T. / Wang, W. / Zhang, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972326 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NADH-quinone oxidoreductase subunits NuoE and NuoF
著者: Li, L. / Ran, T. / Wang, W. / Zhang, F.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
O: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8329
ポリマ－135,4764
非ポリマー1,3565
水2,108117
1
F: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
O: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
ヘテロ分子

C: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8329
ポリマ－135,4764
非ポリマー1,3565
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area13690 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area40850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.200, 99.910, 147.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 FCOD

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F


分子量: 48174.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
遺伝子: nuoF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A854CMD1
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit E


分子量: 19563.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
遺伝子: nuoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M1MMP2

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非ポリマー , 4種, 122分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris, PEG 4000, acetone

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→29.55 Å / Num. obs: 56860 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.36→2.42 Å / Num. unique obs: 53377 / CC1/2: 0.807

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q9C

6q9c


解像度: 2.36→28.84 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 --
Rwork0.1918 --
obs-56762 99.87 %
原子変位パラメータBiso mean: 54.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→28.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8924 0 76 117 9117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00859227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.064612513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05641332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.04735390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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