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万見
- PDB-8x9p: HURP (428-534)-alpha-tubulin-beta-tubulin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x9p
タイトルHURP (428-534)-alpha-tubulin-beta-tubulin complex
要素
  • Disks large-associated protein 5,Green fluorescent protein
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / HURP / tubulin / drug resistance / mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic chromosome movement towards spindle pole / signaling / kinetochore assembly / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / spindle pole centrosome / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / centrosome localization / microtubule-based process / regulation of mitotic cell cycle / bioluminescence ...mitotic chromosome movement towards spindle pole / signaling / kinetochore assembly / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / spindle pole centrosome / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / centrosome localization / microtubule-based process / regulation of mitotic cell cycle / bioluminescence / mitotic spindle organization / generation of precursor metabolites and energy / chromosome segregation / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAPAP family / Guanylate-kinase-associated protein (GKAP) protein / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Green fluorescent protein, GFP / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...SAPAP family / Guanylate-kinase-associated protein (GKAP) protein / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Green fluorescent protein, GFP / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Green fluorescent protein-related / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain / Green fluorescent protein / Disks large-associated protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Chen, P.-P. / Hsia, K.-C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)AS-IVA-112-L05 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: HURP binding to the vinca domain of β-tubulin accounts for cancer drug resistance.
著者: Athira Saju / Po-Pang Chen / Tzu-Han Weng / Su-Yi Tsai / Akihiro Tanaka / Yu-Ting Tseng / Chih-Chia Chang / Chun-Hsiung Wang / Yuta Shimamoto / Kuo-Chiang Hsia /
要旨: Vinca alkaloids, a class of tubulin-binding agent, are widely used in treating cancer, yet the emerging resistance compromises their efficacy. Hepatoma up-regulated protein (HURP), a microtubule- ...Vinca alkaloids, a class of tubulin-binding agent, are widely used in treating cancer, yet the emerging resistance compromises their efficacy. Hepatoma up-regulated protein (HURP), a microtubule-associated protein displaying heightened expression across various cancer types, reduces cancer cells' sensitivity to vinca-alkaloid drugs upon overexpression. However, the molecular basis behind this drug resistance remains unknown. Here we discover a tubulin-binding domain within HURP, and establish its role in regulating microtubule growth. Cryo-EM analysis reveals interactions between HURP's tubulin-binding domain and the vinca domain on β-tubulin -- the site targeted by vinca alkaloid drugs. Importantly, HURP competes directly with vinorelbine, a vinca alkaloid-based chemotherapeutic agent, countering microtubule growth defects caused by vinorelbine both in vitro and in vivo. Our findings elucidate a mechanism driving drug resistance in HURP-overexpressing cancer cells and emphasize HURP tubulin-binding domain's role in mitotic spindle assembly. This underscores its potential as a therapeutic target to improve cancer treatment.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Disks large-associated protein 5,Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,8813
ポリマ－172,8813
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 48769.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A0A0M3KKT1
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 47940.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質 Disks large-associated protein 5,Green fluorescent protein / DAP-5 / Discs large homolog 7 / Disks large-associated protein DLG7 / Hepatoma up-regulated protein / HURP


分子量: 76169.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLGAP5, DLG7, KIAA0008, GFP / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: Q15398, UniProt: P42212
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HURP (428-534)-alpha-tubulin-beta-tubulin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Bacteria (unknown)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 248567 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047839
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65410619
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0051055
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441158
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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