PDB-8x9c: Class I terpene synthase: eudesmanediol synthase (apo-PeTS3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x9c

タイトル

Class I terpene synthase: eudesmanediol synthase (apo-PeTS3)

要素

Terpenoid synthase

キーワード

LIGASE / sesquiterpene / terpene synthase

機能・相同性

Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / Terpenoid synthase

機能・相同性情報

生物種

Penicillium expansum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Huang, Z.Y. / Li, W.L. / Xu, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecule insights of a dihydrated sesquiterpene synthase PeTS3
著者: Huang, Z.Y. / Li, W.L. / Xu, J.H.

履歴

登録	2023年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x9c.cif.gz	138.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x9c.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/8x9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/8x9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Terpenoid synthase

B: Terpenoid synthase

75.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.650, 118.960, 65.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Terpenoid synthase 分子量: 37705.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium expansum (菌類) / 遺伝子: PEX2_005160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A2JK86
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG8000, 0.2% w/v cytidine, 0.2% w/v inosine, 0.2% w/v ribavirin, 0.2% w/v thymidine, 0.2% w/v uridine, 0.1 M imidazole-MES monohydrate Buffer pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→61.02 Å / Num. obs: 91596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 6795 / CC_1/2: 0.731 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→33.25 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	4472	4.89 %
R_work	0.1912	-	-
obs	0.1921	91521	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→33.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4811	0	0	418	5229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4934
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	6672
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.545	658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.3369	141	0.3233	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.72	0.3608	140	0.3123	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.3429	147	0.2992	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.3221	144	0.2778	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.3002	159	0.2687	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.2794	152	0.2457	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2902	169	0.2361	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.249	165	0.233	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2717	153	0.2319	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.258	138	0.2309	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2555	131	0.2387	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2498	152	0.218	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.2969	142	0.2139	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.226	150	0.2045	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.2087	157	0.2068	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.208	148	0.2011	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.224	171	0.195	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.28	0.2464	136	0.2048	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.2225	155	0.2043	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.2253	123	0.1951	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.51	0.2226	146	0.1991	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.61	0.2233	144	0.2033	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.73	0.2234	144	0.2039	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.87	0.2142	157	0.1961	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.05	0.2125	185	0.2009	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.29	0.1758	142	0.1949	2930	X-RAY DIFFRACTION	99
3.29-3.62	0.2069	133	0.1894	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.14	0.1737	159	0.1648	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-5.21	0.1878	132	0.1524	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-33.25	0.172	157	0.1674	2898	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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