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- PDB-8x89: Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae fabG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x89
タイトルCrystal Structure of Streptococcus pneumoniae fabG
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acid synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Xu, K.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2024
タイトル: Structure features of Streptococcus pneumoniae FabG and virtual screening of allosteric inhibitors.
著者: Xu, K. / Zhong, J. / Li, J. / Cao, Y. / Wei, L.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1754
ポリマ－103,1754
非ポリマー00
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, retention time at around 100kDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.190, 126.084, 128.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量: 25793.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: fabG
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0B7L773
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 mixing condition of 15mg/mL protein with 0.1M Acetate pH 4.5 and 40% (v/v) 1,2-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→128.14 Å / Num. obs: 147555 / % possible obs: 71.2 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 37.43 Å2 / CC1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.42→35.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique obs: 76536 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCv1.0データ削減
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→35.78 Å / SU ML: 0.3211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.5846
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1979 1.36 %
Rwork0.2129 143903 -
obs0.2134 145882 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→35.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6881 0 0 298 7179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01026952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43689355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08621119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2416970
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.040.40871460.38469928X-RAY DIFFRACTION96.09
2.04-2.090.37781340.365210211X-RAY DIFFRACTION99.48
2.09-2.160.31361460.328410291X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.230.37551420.301810319X-RAY DIFFRACTION99.99
2.23-2.310.29581480.276410333X-RAY DIFFRACTION99.99
2.31-2.40.32831400.252510309X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.510.26331360.247410349X-RAY DIFFRACTION99.96
2.51-2.640.32141450.227710312X-RAY DIFFRACTION99.98
2.64-2.80.29621400.234710276X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.020.27071390.206710305X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.320.26771370.226210347X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.810.19581420.18210303X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.790.22151430.174310323X-RAY DIFFRACTION100
4.79-35.780.19911410.172910297X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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