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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ZmHSL1A | ||||||
要素 | 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Complex / Enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.597 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, H.-Y. / Dong, J. / Yang, G.-F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: An artificially evolved gene for herbicide-resistant rice breeding. 著者: Dong, J. / Yu, X.H. / Dong, J. / Wang, G.H. / Wang, X.L. / Wang, D.W. / Yan, Y.C. / Xiao, H. / Ye, B.Q. / Lin, H.Y. / Yang, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x7c.cif.gz | 176.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x7c.ent.gz | 135.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8x7c_validation.pdf.gz | 450 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8x7c_full_validation.pdf.gz | 453 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8x7c_validation.xml.gz | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8x7c_validation.cif.gz | 63 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x7c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39748.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100285776 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B6U9L0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.06 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.597→30 Å / Num. obs: 106167 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 16.33 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 3167 / CC1/2: 0.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.597→26.84 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.597→26.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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