PDB-8x70: The Crystal Structure of IFI16 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x70

タイトル

The Crystal Structure of IFI16 from Biortus.

要素

Gamma-interferon-inducible protein 16

キーワード

PROTEIN BINDING / Activator / DNA-binding / Apoptosis

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / negative regulation of DNA binding / STING mediated induction of host immune responses / myeloid cell differentiation / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / monocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Wang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of IFI16 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Wang, J.

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x70.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x70.ent.gz	144.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x70_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x70_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	8x70_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	8x70_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-interferon-inducible protein 16

B: Gamma-interferon-inducible protein 16

C: Gamma-interferon-inducible protein 16

D: Gamma-interferon-inducible protein 16

ヘテロ分子

95.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-interferon-inducible protein 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gamma-interferon-inducible protein 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Gamma-interferon-inducible protein 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Gamma-interferon-inducible protein 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.400, 87.418, 111.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.274, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Gamma-interferon-inducible protein 16 分子量: 23527.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFI16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16666

-
非ポリマー , 5種, 813分子

#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M K bromide, 30% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18075 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.523 Å / Num. obs: 83684 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.798 / Num. unique obs: 4406

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→46.523 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.206 / SU B: 2.923 / SU ML: 0.095 / Average fsc free: 0.8906 / Average fsc work: 0.9098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2472	4254	5.085 %
R_work	0.2007	79399	-
all	0.203	-	-
obs	-	83653	99.798 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.443 Å²	0 Å²	-1.388 Å²
2-	-	-0.783 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.754 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.523 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6196	0	45	792	7033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	6335
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.651	8492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.228	1.586	14610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.406	5	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.918	24.361	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.212	15	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.365	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6907
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	6039
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.239	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.349	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.632	2.667	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.63	2.667	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.563	3.989	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.563	3.99	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.063	2.984	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.063	2.985	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.287	4.343	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.287	4.344	4686
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.265	32.583	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.101	32.087	6827

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.316	327	0.273	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.8705
1.744-1.792	0.312	295	0.26	5658	X-RAY DIFFRACTION	99.7152
1.792-1.844	0.308	313	0.241	5580	X-RAY DIFFRACTION	99.8306
1.844-1.901	0.258	290	0.226	5361	X-RAY DIFFRACTION	99.7177
1.901-1.963	0.293	314	0.222	5199	X-RAY DIFFRACTION	99.837
1.963-2.032	0.269	264	0.213	5064	X-RAY DIFFRACTION	99.9625
2.032-2.108	0.253	231	0.204	4930	X-RAY DIFFRACTION	99.8645
2.108-2.195	0.234	266	0.196	4657	X-RAY DIFFRACTION	99.8175
2.195-2.292	0.258	238	0.193	4539	X-RAY DIFFRACTION	99.7286
2.292-2.404	0.255	223	0.196	4293	X-RAY DIFFRACTION	99.735
2.404-2.534	0.289	175	0.205	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.8403
2.534-2.687	0.262	242	0.208	3817	X-RAY DIFFRACTION	99.877
2.687-2.873	0.236	164	0.201	3677	X-RAY DIFFRACTION	99.5594
2.873-3.103	0.245	207	0.203	3384	X-RAY DIFFRACTION	99.6393
3.103-3.399	0.266	175	0.205	3121	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
3.399-3.8	0.252	140	0.196	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.8992
3.8-4.386	0.19	126	0.173	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.7373
4.386-5.37	0.225	114	0.168	2117	X-RAY DIFFRACTION	99.8657
5.37-7.585	0.229	96	0.21	1655	X-RAY DIFFRACTION	99.9429
7.585-46.523	0.197	54	0.198	936	X-RAY DIFFRACTION	99.4975

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