PDB-8x6z: 1-naphthylamine GS from Pseudomonas sp. JS3066

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x6z

タイトル

1-naphthylamine GS from Pseudomonas sp. JS3066

要素

Glutamine synthetase

キーワード

LIGASE / glutamine synthetase / 1-naphthylamine glutamine synthetase

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Zhou, N.Y. / Zhang, S.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Discovery of the 1-naphthylamine biodegradation pathway reveals a broad-substrate-spectrum enzyme catalyzing 1-naphthylamine glutamylation.
著者: Zhang, S.T. / Deng, S.K. / Li, T. / Maloney, M.E. / Li, D.F. / Spain, J.C. / Zhou, N.Y.

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x6z.cif.gz	568.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x6z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x6z_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x6z_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8x6z_validation.xml.gz	105 KB	表示
CIF形式データ	8x6z_validation.cif.gz	146.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/8x6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/8x6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wwuC 8wwvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

ヘテロ分子

342 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.635, 140.141, 218.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamine synthetase 分子量: 56933.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 遺伝子: HBO18_29070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 3.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→19.98 Å / Num. obs: 79065 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.95→3.01 Å / Num. unique obs: 4423 / CC_1/2: 0.762

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→19.98 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	3907	4.95 %
R_work	0.2238	-	-
obs	0.2249	78921	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22670	0	10	729	23409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	23212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	31488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.149	8509
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	3435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4082

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-2.99	0.3151	143	0.3131	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.02	0.3599	127	0.3013	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.06	0.326	131	0.2911	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.1	0.3399	148	0.2953	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.15	0.3317	139	0.2891	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.2	0.3118	138	0.2847	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.25	0.3091	156	0.2714	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.3	0.3326	138	0.2845	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.36	0.3218	167	0.2687	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.42	0.2788	137	0.2584	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.48	0.2905	141	0.2633	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.55	0.3101	117	0.2434	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.63	0.2441	142	0.2296	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.71	0.2307	139	0.2305	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.8	0.2721	137	0.2227	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-3.91	0.2339	144	0.2142	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.02	0.2227	142	0.2074	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.15	0.2052	146	0.2017	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.3	0.1807	141	0.1918	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.47	0.2077	129	0.1884	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.67	0.2033	132	0.1822	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-4.91	0.2139	129	0.1794	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.21	0.2064	140	0.1856	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-5.61	0.2096	133	0.1945	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
5.61-6.16	0.2589	152	0.199	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
6.16-7.01	0.1842	135	0.2086	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
7.01-8.71	0.2057	148	0.2015	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
8.71-19.98	0.2054	136	0.1939	2834	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)