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- PDB-8x6b: Crystal structure of immune receptor PVRIG in complex with ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x6b
タイトルCrystal structure of immune receptor PVRIG in complex with ligand Nectin-2
要素
  • Nectin-2
  • Transmembrane protein PVRIG
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm mitochondrion organization / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / spermatid nucleus differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of mast cell activation / regulation of viral entry into host cell ...sperm mitochondrion organization / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / spermatid nucleus differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of mast cell activation / regulation of viral entry into host cell / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / acrosome assembly / cilium organization / zonula adherens / adhesion of symbiont to host / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / fertilization / apical junction complex / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / spermatid development / phosphatase binding / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cytoskeleton organization / establishment of localization in cell / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / virus receptor activity / signaling receptor activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane protein PVRIG / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Transmembrane protein PVRIG / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein PVRIG / Nectin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hu, S.T. / Han, P. / Wang, H. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the immune recognition and selectivity of the immune receptor PVRIG for ligand Nectin-2.
著者: Hu, S. / Han, P. / Wang, M. / Cao, X. / Liu, H. / Zhang, S. / Zhang, S. / Liu, J. / Han, Y. / Xiao, J. / Chen, Q. / Miao, K. / Qi, J. / Tan, S. / Gao, G.F. / Wang, H.
履歴
登録2023年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transmembrane protein PVRIG
A: Nectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7713
ポリマ－28,5502
非ポリマー2211
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.974, 80.974, 82.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

21A-258-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transmembrane protein PVRIG / CD112 receptor / CD112R / Poliovirus receptor-related immunoglobulin domain-containing protein


分子量: 14599.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVRIG, C7orf15
発現宿主: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q6DKI7
#2: タンパク質 Nectin-2


分子量: 13950.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NECTIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92692
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→57.87 Å / Num. obs: 26249 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 28.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3764

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40.49 Å / SU ML: 0.1615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 990 5.16 %
Rwork0.204 18188 -
obs0.2058 19178 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 14 122 1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97712452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9762245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.110.24811480.20612543X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.240.23241200.20852558X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.410.2421140.21722580X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.650.27331260.22912573X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-3.040.25931280.22212610X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.820.21261750.19072591X-RAY DIFFRACTION100
3.83-40.490.23971790.1942733X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.000260198946.137241304564.254193467197.66030766194-1.754954975274.14887015079-0.469996826151.17484702261-1.69954516216-0.3613761333710.39558414435-0.3634662568830.490072459090.4120565346770.07311159178690.3104173487910.0149063187343-0.006455464302660.221437772753-0.1158353266810.2721578047769.0545114714226.20894091830.8230529703
26.7107670746-1.679943809085.942651033866.16154908314-1.047684609848.096019794220.0554919999657-0.39389391767-0.894974726977-0.02584777062430.3437972988941.16701822429-0.0126674821169-0.825919092072-0.4020223298390.2622249056340.009829925115020.06373381439530.2410070826490.02834213376090.3930855792951.84158305526.623217417635.3201535891
33.391460347680.276634764077-2.390985978384.636393800870.3543927721545.04002604887-0.174825057235-0.188159955482-0.3208047075360.4500006537840.1844558731140.3942648795480.305294885103-0.122227860551-0.02519584462190.1968356093690.02052844484870.009137277310390.1580089470420.0296239315980.1864438978096.4829576424632.442630852542.5620614962
47.602543388892.64348902315-2.382101719645.68438907066-6.389321745349.620032112720.0787064699894-0.002279724800160.641430588730.467648490690.8437888653411.49797498009-0.127566982565-1.71769514131-0.9197195876340.36787554772-0.008157111119690.001591188841490.4973578981090.197949580990.55291191332-5.4752582429635.540261649330.4725478469
55.83441702797-2.270233830725.247587133782.70690979713-2.749139108876.395450789750.3661303719720.512321642161-0.343332710795-0.219778347918-0.01232888949040.1412727362070.5523183795210.131238215443-0.3625396733920.1812787276330.0263538547566-0.007433337804990.169177302958-0.02306137816710.16777690609912.012739593732.273962632733.5936176024
65.888528826861.68609545585-2.496380002854.03970886157-1.753523468663.712046815050.5418685843740.5112285460451.33168825238-0.5547568526420.09318741583950.0545587841046-0.859697257882-0.355714411152-0.6328759640890.6923654879620.0320861631029-0.009582537846340.2199236394140.04809518292780.49674762926426.365406218954.202562605436.6639964377
77.087419116491.05212704512-2.577809157464.29933511403-1.669229677133.686690797420.01547424498030.0682064226760.405416413776-0.312647759082-0.03172466347410.122236466727-0.2465244086930.01695135438710.03094296060590.2725621440430.00302666466346-0.06710471188930.1436437431680.03664173477780.22044568610622.400315421843.712459467439.9737714649
87.04800915834-0.1797601106-1.028919121886.575596471550.08947763346346.523635011430.0241889102502-0.6013225665140.2227280038770.670611111439-0.126623358359-0.18505160145-0.1375927326290.4936071274090.1054476704460.22665973644-0.00957747997332-0.0472351547590.1604494050720.0148466002490.20254472219629.778219889738.83953524144.9830784684
92.011529623172.08614730969-5.798919362733.45199058334-1.915221482585.972508847990.04292102343290.7812511760320.722031773661-0.4492355034330.22537516628-0.0022063917766-0.402534857389-0.353150375824-0.224467576690.3941197118310.00113032573922-0.03758324505460.3139475281480.08804255943230.29272393739424.474124856146.575961495234.975895762
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 3 through 11 )BA3 - 111 - 9
22chain 'B' and (resid 12 through 27 )BA12 - 2710 - 20
33chain 'B' and (resid 28 through 80 )BA28 - 8021 - 73
44chain 'B' and (resid 81 through 93 )BA81 - 9374 - 82
55chain 'B' and (resid 94 through 114 )BA94 - 11483 - 103
66chain 'A' and (resid 3 through 19 )AC3 - 191 - 17
77chain 'A' and (resid 20 through 50 )AC20 - 5018 - 48
88chain 'A' and (resid 51 through 94 )AC51 - 9449 - 92
99chain 'A' and (resid 95 through 128 )AC95 - 12893 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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