PDB-8x5v: BlCas9-sgRNA-target DNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x5v

タイトル

BlCas9-sgRNA-target DNA complex

要素

BlCas9
DNA (28-mer)
DNA (8-mer)
RNA (110-mer)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR-Cas / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex

機能・相同性

DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Brevibacillus laterosporus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nakane, T. / Nakagawa, R. / Yamashita, K. / Nishimasu, H. / Nureki, O.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structure and engineering of Brevibacillus laterosporus Cas9.
著者: Nakane, T. / Nakagawa, R. / Ishiguro, S. / Okazaki, S. / Mori, H. / Shuto, Y. / Yamashita, K. / Yachie, N. / Nishimasu, H. / Nureki, O.

履歴

登録	2023年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x5v.cif.gz	295.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x5v.ent.gz	217.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8x5v_validation.pdf.gz	493.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x5v_full_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示
XML形式データ	8x5v_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	8x5v_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5v	HTTPS FTP

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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: BlCas9

B: RNA (110-mer)

C: DNA (28-mer)

D: DNA (8-mer)

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.75, 99.21, 119.3
Angle α, β, γ (deg.)	90, 97.087, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1367- HOH
2	1	C-335- HOH

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖	DNA (28-mer) / Target DNA 分子量: 8549.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (8-mer) / Non-target DNA 分子量: 2385.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	BlCas9 分子量: 107915.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus laterosporus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖	RNA (110-mer) / sgRNA 分子量: 35409.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus laterosporus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 356分子

#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 200 mM sodium-acetate pH 4.5, 15%-20% PEG 500 MME, 200 mM ammonium sulfate, 10 mM strontium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→118.389 Å / Num. obs: 112881 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 19.01

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2-2.12	4.111	18007	0.649	4.186	1
2.12-2.27	2.646	17459	0.877	2.694	1
2.27-2.45	1.607	15743	0.951	1.64	1
2.45-2.68	0.849	14488	0.982	0.865	1
2.68-3	0.418	13463	0.996	0.425	1
3-3.46	0.19	11655	0.999	0.194	1
3.46-4.24	0.124	10011	0.999	0.126	1
4.24-6	0.096	7754	1	0.098	1
6-50	0.076	4301	0.999	0.078	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→118.389 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.433 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	5611	4.971 %
R_work	0.198	107265	-
all	0.2	-	-
obs	-	112876	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.83 Å²	0 Å²	5.267 Å²
2-	-	-2.876 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.256 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→118.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7146	2983	130	325	10584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	10745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.724	15142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.577	1.593	19627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.809	5	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.091	5	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.445	5	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.901	10	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.061	10	353
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.154	0.2	7621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.116	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.487	5.705	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.487	5.705	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.158	10.261	4459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.159	10.262	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.319	6.212	7172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.267	6.197	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.688	11.27	10678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.636	11.246	10625
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.625	63.003	12520
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.456	62.608	12453

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.353	412	0.352	7848	0.352	8288	0.821	0.825	99.6622	0.334
2.052-2.108	0.33	404	0.328	7682	0.328	8098	0.904	0.893	99.8518	0.3
2.108-2.169	0.326	392	0.308	7519	0.309	7921	0.902	0.907	99.8737	0.274
2.169-2.236	0.271	379	0.281	7276	0.28	7667	0.933	0.925	99.8435	0.24
2.236-2.309	0.283	370	0.261	7083	0.262	7459	0.933	0.936	99.9196	0.218
2.309-2.39	0.244	357	0.242	6789	0.242	7151	0.944	0.948	99.9301	0.196
2.39-2.481	0.285	350	0.243	6596	0.245	6950	0.942	0.954	99.9424	0.198
2.481-2.582	0.237	330	0.221	6382	0.222	6712	0.957	0.964	100	0.181
2.582-2.697	0.261	333	0.214	6037	0.217	6370	0.951	0.97	100	0.177
2.697-2.828	0.265	307	0.202	5849	0.205	6156	0.958	0.975	100	0.17
2.828-2.981	0.255	298	0.201	5505	0.204	5803	0.957	0.975	100	0.172
2.981-3.162	0.228	257	0.182	5275	0.184	5534	0.967	0.979	99.9639	0.163
3.162-3.38	0.225	282	0.185	4934	0.187	5217	0.97	0.981	99.9808	0.175
3.38-3.65	0.223	216	0.188	4600	0.189	4816	0.968	0.98	100	0.181
3.65-3.998	0.196	210	0.169	4253	0.171	4463	0.974	0.984	100	0.169
3.998-4.47	0.183	211	0.15	3819	0.151	4030	0.98	0.987	100	0.156
4.47-5.16	0.189	173	0.158	3446	0.16	3619	0.981	0.987	100	0.172
5.16-6.317	0.234	156	0.191	2851	0.193	3007	0.973	0.984	100	0.206
6.317-8.92	0.228	114	0.174	2241	0.177	2355	0.975	0.984	100	0.199
8.92-118.389	0.19	60	0.192	1280	0.192	1343	0.984	0.97	99.7766	0.236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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