+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8x5v | ||||||
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Title | BlCas9-sgRNA-target DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR-Cas / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) Function and homology information | ||||||
Biological species | Brevibacillus laterosporus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Nakane, T. / Nakagawa, R. / Yamashita, K. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024 Title: Structure and engineering of Brevibacillus laterosporus Cas9. Authors: Nakane, T. / Nakagawa, R. / Ishiguro, S. / Okazaki, S. / Mori, H. / Shuto, Y. / Yamashita, K. / Yachie, N. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8x5v.cif.gz | 295.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8x5v.ent.gz | 217.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8x5v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8x5v_validation.pdf.gz | 493.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8x5v_full_validation.pdf.gz | 502.5 KB | Display | |
Data in XML | 8x5v_validation.xml.gz | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8x5v_validation.cif.gz | 58.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8549.530 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 2385.605 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 107915.109 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brevibacillus laterosporus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: RNA chain | Mass: 35409.926 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brevibacillus laterosporus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Non-polymers , 4 types, 356 molecules
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 200 mM sodium-acetate pH 4.5, 15%-20% PEG 500 MME, 200 mM ammonium sulfate, 10 mM strontium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 6, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→118.389 Å / Num. obs: 112881 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 28 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 19.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→118.389 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.433 / SU ML: 0.159 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.148 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.081 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→118.389 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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