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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8x5v | ||||||
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Title | BlCas9-sgRNA-target DNA complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR-Cas / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakane, T. / Nakagawa, R. / Yamashita, K. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and engineering of Brevibacillus laterosporus Cas9. Authors: Nakane, T. / Nakagawa, R. / Ishiguro, S. / Okazaki, S. / Mori, H. / Shuto, Y. / Yamashita, K. / Yachie, N. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 295.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 217.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 493.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 502.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8549.530 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 2385.605 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 107915.109 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 35409.926 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 356 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 200 mM sodium-acetate pH 4.5, 15%-20% PEG 500 MME, 200 mM ammonium sulfate, 10 mM strontium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 6, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→118.389 Å / Num. obs: 112881 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 28 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 19.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.081 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→118.389 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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