PDB-8x5u: Crystal structure of Thermus thermophilus peptidyl-tRNA hydrolase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x5u

タイトル

Crystal structure of Thermus thermophilus peptidyl-tRNA hydrolase C-terminal 16 amino acid deletion mutant

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

キーワード

TRANSLATION / peptidyl-tRNA hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / tRNA binding / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Uehara, Y. / Matsumoto, A. / Nakazawa, T. / Fukuta, A. / Ando, K. / Oka, N. / Uchiumi, T. / Ito, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Binding mode between peptidyl-tRNA hydrolase and the peptidyl-A76 moiety of the substrate.
著者: Uehara, Y. / Matsumoto, A. / Nakazawa, T. / Fukuta, A. / Ando, K. / Uchiumi, T. / Oka, N. / Ito, K.

履歴

登録	2023年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x5u.cif.gz	50.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x5u.ent.gz	34.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x5u_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x5u_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	8x5u_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8x5u_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.948, 81.948, 123.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- SO4

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase 分子量: 19007.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: pth / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHZ2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH7.5, 30% (v/v) PEG600, and 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→70.97 Å / Num. obs: 15036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 40.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 18 % / R_merge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 716 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→70.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.95 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24792	768	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20127	-	-	-
obs	0.20361	14220	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.971 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→70.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1320	0	35	60	1415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.009	2.011	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	3	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.374	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.654	20.968	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.654	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.077	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.977	3.607	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.977	3.607	670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5	5.385	837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.997	5.385	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.284	4.26	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.142	4.15	679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.458	6.013	988
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.27	29.799	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.053	29.611	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	49	-
R_work	0.19	1026	-
obs	-	-	99.63 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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