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- PDB-8x5p: Crystal structure of MjHKUr-CoV spike HR1 in complex with EK1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x5p
タイトルCrystal structure of MjHKUr-CoV spike HR1 in complex with EK1 peptide
要素Spike protein S2,EK1 peptide
キーワードVIRAL PROTEIN / MjHKUr-CoV / spike protein / postfusion / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU4-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU4-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coronavirus HKU23 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Zhu, Y. / Yang, X. / Sun, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fusion mechanism of MjHKUr-CoV spike and its entry inhibitor
著者: Zhu, Y. / Sun, F. / Lu, L.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S2,EK1 peptide
B: Spike protein S2,EK1 peptide
C: Spike protein S2,EK1 peptide
D: Spike protein S2,EK1 peptide
E: Spike protein S2,EK1 peptide
F: Spike protein S2,EK1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7258
ポリマ－71,6546
非ポリマー712
水2,540141
1
A: Spike protein S2,EK1 peptide
B: Spike protein S2,EK1 peptide
C: Spike protein S2,EK1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8634
ポリマ－35,8273
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
2
D: Spike protein S2,EK1 peptide
E: Spike protein S2,EK1 peptide
F: Spike protein S2,EK1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8634
ポリマ－35,8273
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.373, 42.344, 169.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Spike protein S2,EK1 peptide


分子量: 11942.375 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coronavirus HKU23 (ウイルス) / 遺伝子: S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0Q4F2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium Citrate, Citric Acid pH 5.5, 20%(w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→29.61 Å / Num. obs: 17070 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.51→2.61 Å / Num. unique obs: 1922 / CC1/2: 0.965

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→29.61 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 858 5.04 %
Rwork0.2291 --
obs0.2318 17008 94.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 0 2 141 4440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.674553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.660.34071400.26322721X-RAY DIFFRACTION95
2.66-2.870.28211420.24392712X-RAY DIFFRACTION97
2.87-3.160.32861200.25422781X-RAY DIFFRACTION98
3.16-3.610.26211470.22552762X-RAY DIFFRACTION96
3.61-4.550.25321350.18672314X-RAY DIFFRACTION81
4.55-29.610.28831740.23642860X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7819-0.11230.21820.09670.52091.7199-0.0851-0.0575-0.03070.1377-0.0524-0.15480.07690.13360.00970.2154-0.0037-0.00530.11540.00390.17644.620528.526645.9158
20.9814-0.09790.29860.9722-0.25661.762-0.06690.0278-0.09670.0781-0.06420.0598-0.2133-0.3925-0.00830.1296-0.003-0.00660.04420.01110.2045-5.496930.573947.7022
30.4691-0.2713-0.11920.7415-0.47111.56420.03390.00320.0930.05180.07290.0556-0.63760.01230.00950.157-0.03220.0090.1215-0.00230.17971.012238.200846.359
40.332-0.2969-0.7030.4292-0.42991.26750.0857-0.036-0.03140.08990.08240.0373-0.2904-0.4580.03190.0808-0.03470.00320.1302-0.02770.165519.769535.016529.6208
50.25450.1677-0.41560.19060.70121.14730.0843-0.03170.01460.05190.08980.0332-0.11550.28020.1820.0836-0.0015-0.00170.07520.00050.105529.295134.978630.0731
60.2727-0.04070.12720.5366-0.36443.280.0884-0.00150.06290.06320.11510.01150.4567-0.16920.18580.101-0.0232-0.01220.09860.01170.136824.4126.807430.0065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 109)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 110)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 109)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 110)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 111)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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