PDB-8x5m: The Crystal Structure of JNK1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x5m

タイトル

The Crystal Structure of JNK1 from Biortus.

要素

Mitogen-activated protein kinase 8

キーワード

TRANSCRIPTION / Transferase / Biological rhythms / ATP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity ...JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to UV / response to mechanical stimulus / stress-activated MAPK cascade / energy homeostasis / JNK cascade / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / cellular response to amino acid starvation / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular senescence / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of JNK1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x5m.cif.gz	95.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x5m.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 8

ヘテロ分子

42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.170, 128.405, 82.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-509- HOH
2	1	A-604- HOH

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 8 分子量: 41773.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45983
#2: 化合物	ChemComp-Y4O / 3-[4-(dimethylamino)butanoylamino]-~{N}-[3-methyl-4-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]phenyl]benzamide 分子量: 509.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₁N₇O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Nacacodylate pH6.0, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95371 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.786 Å / Num. obs: 28200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.814 / Num. unique obs: 2057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→19.786 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.193 / SU B: 3.789 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.9245 / Average fsc work: 0.9394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	1421	5.043 %
R_work	0.1926	26759	-
all	0.195	-	-
obs	-	28180	99.841 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.979 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.146 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.167 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2763	0	54	252	3069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.162	1.645	3943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.117	1.581	6491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.353	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.941	23	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.029	15	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.549	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.158	0.2	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.765	3.897	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.765	3.894	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.927	5.824	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.926	5.828	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.954	4.205	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.953	4.207	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.195	6.192	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.194	6.194	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.27	45.396	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.136	44.969	3231

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.323	98	0.219	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.308	102	0.216	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.263	134	0.215	1830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.251	99	0.218	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.259	85	0.212	1751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.206	118	0.192	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.226	88	0.207	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.29	91	0.2	1555	X-RAY DIFFRACTION	99.8786
2.581-2.696	0.233	85	0.206	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.827	0.245	71	0.194	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.98	0.248	60	0.194	1394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.16	0.224	58	0.197	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.378	0.217	76	0.192	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.648	0.242	55	0.188	1158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.648-3.995	0.197	59	0.179	1069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.995-4.464	0.254	52	0.172	967	X-RAY DIFFRACTION	99.902
4.464-5.151	0.172	38	0.167	869	X-RAY DIFFRACTION	100
5.151-6.299	0.219	24	0.207	759	X-RAY DIFFRACTION	99.7452
6.299-8.868	0.292	11	0.202	600	X-RAY DIFFRACTION	100
8.868-19.786	0.24	17	0.184	321	X-RAY DIFFRACTION	89.418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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