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- PDB-8x5l: The Crystal Structure of PRKACA from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x5l
タイトルThe Crystal Structure of PRKACA from Biortus.
要素cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP/PKA signal transduction / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction ...cAMP/PKA signal transduction / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / channel activator activity / HDL assembly / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / mitochondrial protein catabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / renal water homeostasis / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / regulation of osteoblast differentiation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of interleukin-2 production / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / PKA activation in glucagon signalling / Regulation of MECP2 expression and activity / mesoderm formation / RET signaling / DARPP-32 events / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / sperm flagellum / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of macroautophagy / Hedgehog 'off' state / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / Ion homeostasis / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of gluconeogenesis / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / calcium channel complex / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cellular response to epinephrine stimulus / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / positive regulation of calcium-mediated signaling / regulation of heart rate / CD209 (DC-SIGN) signaling / AURKA Activation by TPX2 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / Mitochondrial protein degradation / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI1 by the proteasome / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytokine-mediated signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / mRNA processing / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to heat / dendritic spine / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RKD / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Lin, D. / Pan, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of PRKACA from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Lin, D. / Pan, W.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1605
ポリマ－81,5072
非ポリマー6533
水46826
1
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0913
ポリマ－40,7541
非ポリマー3382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
2
B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0682
ポリマ－40,7541
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.272, 77.272, 142.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 17 - 333 / Label seq-ID: 18 - 334

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha


分子量: 40753.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612
#2: 化合物 ChemComp-RKD / (2S)-2-(4-chlorophenyl)-2-hydroxy-2-[4-(1H-pyrazol-4-yl)phenyl]ethanaminium / (1S)-2-AMINO-1-(4-CHLOROPHENYL)-1-(4-(1H-PYRAZOL-4-YL)PHENYL)ETHAN-1-OL


分子量: 314.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M NaAC, 0.1M Na3citrate pH5.5, 10% PEG 4000, 40% v/v Polypropylene glycol P 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→47.57 Å / Num. obs: 21778 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Num. unique obs: 3161 / CC1/2: 0.821

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→43.418 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 14.235 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.363 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 1132 5.207 %
Rwork0.2009 20609 -
all0.204 --
obs-21741 99.972 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 71.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.965 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.965 Å2-0 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→43.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5266 0 45 26 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0125454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.657362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3281.57211674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.778528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52710968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.0610269
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.24812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22702
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.130.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1370.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.250.26
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0120.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4757.292543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4757.292543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.18110.9233170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.18110.9253171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2977.4812911
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2977.4812912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9311.1324192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.92911.1324193
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.78487.9586099
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.78387.9536100
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1020.059888
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.10190.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.10190.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.75-2.8210.377890.31514770.31915660.8960.9391000.299
2.821-2.8980.372760.30315050.30615810.9220.9471000.276
2.898-2.9820.354980.27214250.27715240.9210.95899.93440.246
2.982-3.0730.275940.26813630.26814570.9470.9591000.243
3.073-3.1730.268990.25713230.25814220.9470.9631000.233
3.173-3.2840.26570.24713210.24813780.9490.9651000.224
3.284-3.4070.302680.24812810.25113490.9420.9651000.228
3.407-3.5460.314660.23312120.23712780.9390.9691000.214
3.546-3.7020.239480.21511640.21612120.9660.9721000.196
3.702-3.8810.252690.20911330.21112020.960.9741000.194
3.881-4.090.26570.18410520.18811090.9630.9791000.174
4.09-4.3350.213460.1710210.17210670.9740.9831000.164
4.335-4.6310.207570.1559500.15810070.9770.9851000.152
4.631-4.9980.239520.1598770.1639290.9660.9851000.16
4.998-5.4670.248390.188260.1838650.9650.9841000.18
5.467-6.1010.278290.1847320.1877610.9590.9811000.178
6.101-7.0210.197260.1846800.1847060.9720.981000.184
7.021-8.5440.214260.1675680.1695940.9770.9841000.173
8.544-11.8550.236220.1384320.1424540.9710.9911000.154
11.855-43.4180.15140.1942670.1922810.9890.9741000.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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