PDB-8x5j: The Crystal Structure of PARP5A from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x5j

タイトル

The Crystal Structure of PARP5A from Biortus.

要素

Poly [ADP-ribose] polymerase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Cell cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Wu, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of PARP5A from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Wu, B.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x5j.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x5j.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/8x5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly [ADP-ribose] polymerase

B: Poly [ADP-ribose] polymerase

ヘテロ分子

49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly [ADP-ribose] polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.674, 52.179, 68.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.842, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 1104 - 1313 / Label seq-ID: 1 - 210

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1 分子量: 24212.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7EQ52
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Ammonium Tartrate, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.082 Å / Num. obs: 48348 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 2585

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→48.082 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	2553	5.283 %
R_work	0.1888	45776	-
all	0.19	-	-
obs	-	48329	98.05 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.277 Å²	-0 Å²	1.13 Å²
2-	-	0.071 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.496 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3357	0	36	425	3818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.655	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.302	1.579	7370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.754	5	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.274	21.315	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.87	15	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.801	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.833	2.452	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.834	2.451	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.009	3.67	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.008	3.671	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.113	2.724	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.113	2.725	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.47	3.97	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.469	3.971	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.214	29.824	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.112	29.198	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	6743

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10256	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10256	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.321	211	0.265	3408	X-RAY DIFFRACTION	99.205
1.744-1.792	0.28	176	0.247	3298	X-RAY DIFFRACTION	98.6371
1.792-1.844	0.235	183	0.224	3147	X-RAY DIFFRACTION	98.5207
1.844-1.901	0.264	184	0.226	3108	X-RAY DIFFRACTION	98.3861
1.901-1.963	0.236	186	0.215	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.0464
1.963-2.032	0.245	185	0.2	2908	X-RAY DIFFRACTION	98.9127
2.032-2.108	0.222	166	0.187	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.0756
2.108-2.194	0.201	143	0.192	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.0725
2.194-2.292	0.218	137	0.187	2616	X-RAY DIFFRACTION	98.7446
2.292-2.403	0.191	144	0.181	2477	X-RAY DIFFRACTION	98.4598
2.403-2.533	0.223	133	0.188	2368	X-RAY DIFFRACTION	97.8865
2.533-2.687	0.229	110	0.18	2237	X-RAY DIFFRACTION	97.9549
2.687-2.872	0.172	106	0.175	2123	X-RAY DIFFRACTION	97.5492
2.872-3.102	0.225	118	0.178	1948	X-RAY DIFFRACTION	97.7294
3.102-3.397	0.203	89	0.172	1799	X-RAY DIFFRACTION	96.6223
3.397-3.797	0.18	84	0.167	1609	X-RAY DIFFRACTION	96.1932
3.797-4.382	0.149	81	0.159	1419	X-RAY DIFFRACTION	94.8767
4.382-5.361	0.201	63	0.167	1211	X-RAY DIFFRACTION	95.6456
5.361-7.558	0.239	38	0.232	953	X-RAY DIFFRACTION	94.8325
7.558-48.082	0.113	16	0.24	537	X-RAY DIFFRACTION	91.5563

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関連情報:EMDBヘッダ

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