PDB-8x4r: Pyruvate kinase M2 (PKM2) mutant in complex with phenylalanine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x4r

タイトル

Pyruvate kinase M2 (PKM2) mutant in complex with phenylalanine

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / Pyruvate kinase / complex / inhibitor / mutagenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Wang, W.C. / Su, T.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pyruvate kinase M2 (PKM2) mutant in complex with phenylalanine
著者: Wang, W.C. / Su, T.H.

履歴

登録	2023年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x4r.cif.gz	408.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x4r.ent.gz	322.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x4r_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x4r_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8x4r_validation.xml.gz	84.9 KB	表示
CIF形式データ	8x4r_validation.cif.gz	111 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/8x4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/8x4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (14) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.142, 69.399, 168.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.536, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM 分子量: 57910.789 Da / 分子数: 4 / 変異: T405A, S406A, T409A, T454A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaCl, Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→27.112 Å / Num. obs: 113714 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 35.6
反射シェル	解像度: 2.18→2.236 Å / R_merge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 6880

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→27.112 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.388 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	5537	5.075 %
R_work	0.1978	103571	-
all	0.2	-	-
obs	-	109108	95.718 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	-0 Å²	-0.007 Å²
2-	-	-0.027 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→27.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15417	0	40	527	15984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	15697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	15514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.641	21183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.217	1.584	35736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.991	5	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.926	21.622	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.602	15	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.306	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	14272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	7547
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	7377
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.323	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.871	4.749	8055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.871	4.749	8054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.769	7.108	10046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.769	7.108	10047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.473	5.249	7642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.473	5.249	7642
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.89	7.658	11137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.89	7.658	11137
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.251	55.527	16852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.254	55.517	16816

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.236	0.352	419	0.298	6880	X-RAY DIFFRACTION	87.539
2.236-2.297	0.34	357	0.275	6987	X-RAY DIFFRACTION	91.1845
2.297-2.364	0.316	394	0.25	6855	X-RAY DIFFRACTION	91.7363
2.364-2.436	0.334	333	0.244	6744	X-RAY DIFFRACTION	92.1244
2.436-2.515	0.273	347	0.217	6584	X-RAY DIFFRACTION	92.8093
2.515-2.603	0.278	358	0.22	6440	X-RAY DIFFRACTION	94.2465
2.603-2.7	0.271	355	0.208	6292	X-RAY DIFFRACTION	95.5715
2.7-2.809	0.273	344	0.202	6186	X-RAY DIFFRACTION	96.913
2.809-2.933	0.263	299	0.208	6030	X-RAY DIFFRACTION	98.4292
2.933-3.075	0.264	343	0.206	5795	X-RAY DIFFRACTION	99.5298
3.075-3.239	0.244	308	0.208	5550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.239-3.433	0.228	310	0.201	5274	X-RAY DIFFRACTION	99.9284
3.433-3.667	0.212	223	0.182	5001	X-RAY DIFFRACTION	99.8471
3.667-3.955	0.218	235	0.175	4640	X-RAY DIFFRACTION	99.8771
3.955-4.325	0.198	237	0.168	4296	X-RAY DIFFRACTION	99.6702
4.325-4.822	0.172	162	0.154	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.6569
4.822-5.544	0.221	158	0.182	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
5.544-6.731	0.24	153	0.216	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
6.731-9.28	0.209	139	0.163	2294	X-RAY DIFFRACTION	98.7419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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