PDB-8x2s: The Crystal Structure of BPGM from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x2s

タイトル

The Crystal Structure of BPGM from Biortus

要素

Bisphosphoglycerate mutase

キーワード

ISOMERASE / Hydrolase / Glycolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate derivative catabolic process / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / neuroinflammatory response / establishment of blood-brain barrier / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Glycolysis / cellular response to stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of BPGM from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

履歴

登録	2023年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x2s.cif.gz	131.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x2s.ent.gz	97.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (11) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bisphosphoglycerate mutase

B: Bisphosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.661, 61.524, 122.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.320, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 249 / Label seq-ID: 2 - 250

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Bisphosphoglycerate mutase 分子量: 30104.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPGM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07738
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HM(P07738) 0.1M Hepes-NaOH pH 7.2, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953743 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953743 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.37 Å / Num. obs: 44995 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3090 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→43.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.573 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2293	2189	4.865 %
R_work	0.1872	42806	-
all	0.189	-	-
obs	-	44995	98.975 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.353 Å²	-0 Å²	0.47 Å²
2-	-	3.573 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.268 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4103	0	28	525	4656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.299	1.639	5795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.238	1.577	9379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.285	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.396	22.278	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.704	15	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.359	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.576	2.438	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.575	2.436	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.526	3.644	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.525	3.646	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.921	2.716	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.92	2.716	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.198	3.955	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.198	3.955	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.31	29.084	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.112	28.536	4893
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	8461

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08405	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08405	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.307	185	0.302	3090	X-RAY DIFFRACTION	97.5283
1.949-2.003	0.328	140	0.282	3095	X-RAY DIFFRACTION	99.6918
2.003-2.061	0.283	137	0.263	2978	X-RAY DIFFRACTION	97.8329
2.061-2.124	0.261	136	0.235	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.6104
2.124-2.194	0.264	138	0.221	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.5255
2.194-2.271	0.261	132	0.212	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.9351
2.271-2.357	0.292	130	0.2	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.6382
2.357-2.453	0.254	112	0.208	2532	X-RAY DIFFRACTION	98.8042
2.453-2.562	0.241	142	0.19	2448	X-RAY DIFFRACTION	99.8843
2.562-2.687	0.245	120	0.178	2308	X-RAY DIFFRACTION	99.0212
2.687-2.832	0.214	129	0.176	2182	X-RAY DIFFRACTION	99.4406
2.832-3.004	0.224	106	0.18	2126	X-RAY DIFFRACTION	99.554
3.004-3.211	0.241	109	0.171	1968	X-RAY DIFFRACTION	99.3305
3.211-3.468	0.187	107	0.169	1832	X-RAY DIFFRACTION	99.1309
3.468-3.799	0.199	98	0.158	1672	X-RAY DIFFRACTION	98.8827
3.799-4.246	0.18	65	0.144	1525	X-RAY DIFFRACTION	97.7259
4.246-4.902	0.141	71	0.13	1372	X-RAY DIFFRACTION	99.3802
4.902-6.002	0.234	60	0.16	1151	X-RAY DIFFRACTION	99.5888
6.002-8.478	0.215	49	0.16	901	X-RAY DIFFRACTION	98.8554

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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