PDB-8x2q: The Crystal Structure of APC from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x2q

タイトル

The Crystal Structure of APC from Biortus.

要素

Adenomatous polyposis coli protein

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / Wnt signaling pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / gamma-catenin binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of protein localization to centrosome / bicellular tight junction assembly / pattern specification process ...APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / gamma-catenin binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of protein localization to centrosome / bicellular tight junction assembly / pattern specification process / negative regulation of microtubule depolymerization / catenin complex / beta-catenin destruction complex / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / heart valve development / regulation of microtubule-based process / microtubule plus-end binding / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / protein kinase regulator activity / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / cell fate specification / endocardial cushion morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Apoptotic cleavage of cellular proteins / dynein complex binding / mitotic cytokinesis / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / adherens junction / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / kinetochore / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / positive regulation of protein catabolic process / Ovarian tumor domain proteases / insulin receptor signaling pathway / cell migration / nervous system development / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein-containing complex assembly / microtubule binding / microtubule / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell adhesion / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of APC from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

履歴

登録	2023年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x2q.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x2q.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (4) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenomatous polyposis coli protein

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.645, 46.645, 114.035
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-414- HOH
2	1	A-452- HOH

#1: タンパク質	Adenomatous polyposis coli protein 分子量: 14952.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25054
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: (PEG-G2) 0.2M NaAc pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40.4 Å / Num. obs: 10243 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 696

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→40.396 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 8.001 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2626	508	4.959 %
R_work	0.1979	9735	-
all	0.201	-	-
obs	-	10243	99.718 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.921 Å²	-0.46 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.921 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.987 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	921	0	12	72	1005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.008	1.673	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.368	1.575	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.982	5	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.535	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.643	10	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.026	10	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.066	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.089	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.103	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.941	3.214	437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.941	3.216	437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.036	5.711	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.035	5.727	546
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.754	3.892	507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.748	3.898	508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.443	6.86	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.437	6.865	713
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.914	38.298	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.896	35.827	1096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.276	50	0.228	696	X-RAY DIFFRACTION	99.7326
2.052-2.108	0.26	28	0.209	691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.187	48	0.187	636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.231	36	0.182	664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.234	32	0.176	626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.389	0.235	40	0.189	595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.389-2.479	0.207	30	0.187	593	X-RAY DIFFRACTION	99.8397
2.479-2.58	0.263	34	0.182	576	X-RAY DIFFRACTION	99.6732
2.58-2.694	0.202	19	0.202	551	X-RAY DIFFRACTION	99.6503
2.694-2.825	0.284	18	0.214	520	X-RAY DIFFRACTION	99.6296
2.825-2.977	0.253	36	0.205	507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.977-3.157	0.208	18	0.208	476	X-RAY DIFFRACTION	100
3.157-3.373	0.305	31	0.21	451	X-RAY DIFFRACTION	99.5868
3.373-3.641	0.271	12	0.179	433	X-RAY DIFFRACTION	99.5526
3.641-3.986	0.203	12	0.177	397	X-RAY DIFFRACTION	99.5134
3.986-4.451	0.28	21	0.154	343	X-RAY DIFFRACTION	99.726
4.451-5.129	0.276	11	0.191	337	X-RAY DIFFRACTION	99.1453
5.129-6.257	0.478	8	0.262	276	X-RAY DIFFRACTION	99.3007
6.257-8.744	0.317	9	0.238	232	X-RAY DIFFRACTION	99.177

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.606 Å / Origin y: 8.907 Å / Origin z: 33.641 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0342 Å²	-0.0158 Å²	0.0315 Å²	-	0.0759 Å²	-0.0385 Å²	-	-	0.0995 Å²
L	6.1456 °²	1.3384 °²	3.1659 °²	-	0.4507 °²	0.6502 °²	-	-	1.8682 °²
S	-0.115 Å °	0.3583 Å °	-0.2667 Å °	-0.0899 Å °	0.133 Å °	-0.137 Å °	-0.0437 Å °	0.2094 Å °	-0.018 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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