PDB-8x2p: The Crystal Structure of LCK from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x2p

タイトル

The Crystal Structure of LCK from Biortus.

要素

Tyrosine-protein kinase Lck

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Host-virus interaction / ATP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / FLT3 signaling through SRC family kinases / intracellular zinc ion homeostasis / Nef and signal transduction / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion ...regulation of lymphocyte activation / positive regulation of leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / FLT3 signaling through SRC family kinases / intracellular zinc ion homeostasis / Nef and signal transduction / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / Interleukin-2 signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / Regulation of KIT signaling / leukocyte migration / CTLA4 inhibitory signaling / protein serine/threonine phosphatase activity / phospholipase activator activity / CD8 receptor binding / pericentriolar material / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / PECAM1 interactions / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / hemopoiesis / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / T cell differentiation / PD-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell receptor binding / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / release of sequestered calcium ion into cytosol / T cell costimulation / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / non-specific protein-tyrosine kinase / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by SCF-KIT / : / platelet activation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / protein phosphorylation / membrane raft / innate immune response / signaling receptor binding / protein kinase binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Lu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of LCK from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Lu, Y.

履歴

登録	2023年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x2p.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x2p.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x2p_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x2p_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8x2p_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8x2p_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (6) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (5) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (3) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (4) #204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (6)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (7)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (4)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (5)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (3)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (4)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (4)
#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein kinase Lck

B: Tyrosine-protein kinase Lck

ヘテロ分子

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine-protein kinase Lck

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
12.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tyrosine-protein kinase Lck

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.072, 57.438, 67.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-548- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tyrosine-protein kinase Lck 分子量: 12257.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06239

-
非ポリマー , 5種, 293分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: (PEGsII-A10) 0.1M MgCl2, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→43.902 Å / Num. obs: 42896 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique obs: 2801

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→43.902 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 0.894 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	2101	4.898 %
R_work	0.1825	40795	-
all	0.183	-	-
obs	-	42896	99.356 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.617 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.777 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1653	0	32	288	1973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.654	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.342	1.581	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.217	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.298	20.185	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.151	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.343	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.375	1.533	835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.363	1.53	834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.321	2.287	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.322	2.289	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.788	1.875	919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.787	1.876	920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.961	2.689	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.96	2.689	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.732	20.357	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.585	19.362	1941

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.306	116	0.254	2801	X-RAY DIFFRACTION	92.1352
1.436-1.476	0.257	128	0.226	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.3487
1.476-1.518	0.277	146	0.215	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.518-1.565	0.229	167	0.186	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.565-1.616	0.209	138	0.184	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.616-1.673	0.216	150	0.189	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.9631
1.673-1.736	0.189	126	0.177	2520	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
1.736-1.807	0.184	133	0.176	2394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.807-1.887	0.192	113	0.174	2323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.887-1.979	0.209	109	0.183	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.086	0.195	106	0.174	2112	X-RAY DIFFRACTION	99.9099
2.086-2.213	0.183	89	0.171	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.365	0.189	98	0.168	1882	X-RAY DIFFRACTION	99.9495
2.365-2.554	0.179	107	0.169	1747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.554-2.797	0.201	73	0.176	1635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-3.126	0.215	88	0.183	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.608	0.173	65	0.163	1342	X-RAY DIFFRACTION	99.8581
3.608-4.414	0.166	78	0.166	1115	X-RAY DIFFRACTION	100
4.414-6.223	0.254	44	0.213	902	X-RAY DIFFRACTION	100
6.223-43.902	0.295	27	0.246	543	X-RAY DIFFRACTION	99.6503

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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