PDB-8x2a: The Crystal Structure of BMX from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x2a

タイトル

The Crystal Structure of BMX from Biortus.

要素

Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Tyrosine-protein kinase / Apoptosis / Cell adhesion / Stress response / ATP-binding / Metal-binding / Nucleotide-binding / Zinc

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Pan, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of BMX from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Pan, W.

履歴

登録	2023年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x2a.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x2a.ent.gz	99.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX

ヘテロ分子

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.372, 67.475, 76.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX 分子量: 30949.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMX 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P51813

-
非ポリマー , 5種, 394分子

#2: 化合物	ChemComp-LTJ / 4-[(3S)-3-{[(2E)-but-2-enoyl]amino}piperidin-1-yl]-5-fluoro-2,3-dimethyl-1H-indole-7-carboxamide 分子量: 372.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅FN₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Imidazole pH6.5, 20% PEG 8000, 3% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953714 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953714 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→44.9 Å / Num. obs: 70778 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.3→1.33 Å / R_merge(I) obs: 0.979 / Num. unique obs: 3312

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→44.899 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.425 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1606	3494	4.942 %
R_work	0.1278	67204	-
all	0.129	-	-
obs	-	70698	99.366 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.648 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.706 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.168 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.874 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→44.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2119	0	45	388	2552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	1.644	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.581	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.339	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.423	22.664	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.885	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	48.358	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.243	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.343	1.598	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.344	1.596	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.826	2.402	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.826	2.404	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	1.958	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.325	1.959	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.67	2.8	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.67	2.801	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.3	21.295	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.87	20.09	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.319	3	4475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.345	244	0.294	4702	X-RAY DIFFRACTION	95.6118
1.334-1.37	0.245	266	0.221	4726	X-RAY DIFFRACTION	97.9784
1.37-1.41	0.205	237	0.174	4641	X-RAY DIFFRACTION	98.9854
1.41-1.453	0.165	238	0.135	4535	X-RAY DIFFRACTION	99.6243
1.453-1.501	0.149	230	0.112	4402	X-RAY DIFFRACTION	99.5701
1.501-1.554	0.139	212	0.099	4269	X-RAY DIFFRACTION	99.844
1.554-1.612	0.131	194	0.105	4148	X-RAY DIFFRACTION	99.931
1.612-1.678	0.118	207	0.1	3999	X-RAY DIFFRACTION	99.9525
1.678-1.752	0.13	224	0.098	3777	X-RAY DIFFRACTION	99.975
1.752-1.838	0.126	188	0.097	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.937	0.128	187	0.097	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-2.054	0.139	181	0.106	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.054-2.196	0.125	161	0.109	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.372	0.167	144	0.105	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.597	0.141	130	0.111	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.597-2.903	0.148	118	0.121	2466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.903-3.35	0.172	111	0.131	2158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-4.099	0.178	99	0.13	1859	X-RAY DIFFRACTION	100
4.099-5.778	0.196	80	0.158	1473	X-RAY DIFFRACTION	100
5.778-44.899	0.215	43	0.215	858	X-RAY DIFFRACTION	97.8284

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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