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万見
- PDB-8x1g: Human adenylate kinase 1 (hAK1) mutant-R97W -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x1g
タイトルHuman adenylate kinase 1 (hAK1) mutant-R97W
要素Adenylate kinase isoenzyme 1
キーワードTRANSFERASE / adenylate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-phosphate kinase / dAMP kinase activity / outer dense fiber / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleoside-diphosphate kinase ...nucleoside-phosphate kinase / dAMP kinase activity / outer dense fiber / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleoside-diphosphate kinase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase isoenzyme 1 / Adenylate kinase, isozyme 1/5 / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate kinase isoenzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human adenylate kinase 1 mutant-R97W.
著者: Yu, J.
履歴
登録2023年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase isoenzyme 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6971
ポリマ－21,6971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase isoenzyme 1


分子量: 21696.891 Da / 分子数: 1 / 変異: R97W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00568
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HN(CA)CB
142isotropic13D CBCA(CO)NH
152isotropic13D HNCA
1122isotropic13D HN(CO)CA
1112isotropic13D HNCO
1102isotropic13D HN(CA)CO
192isotropic13D H(CCO)NH
182isotropic13D CC(CO)NH
172isotropic13D HBHA(CO)NH
163isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1163isotropic13D CCH-TOCSY
1152isotropic13D 15N-edited NOESY-HSQC
1143isotropic13D 13C-edited NOESY-HSQC
1133isotropic1(HB)CB(CGCD)HD
1173isotropic1(HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.88 mM [U-99% 15N] 15N_R97W, 90% H2O/10% D2O0.88 mM [U-99% 15N] R97W, 10 mM MOPS, 50 mM NaCl, 100 mM Na2SO4, 5 mM EDTA15N_R97W90% H2O/10% D2O
solution20.88 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 15N_13C_R97W10% D2O, 90% H2O/10% D2O0.88 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] R97W, 10 mM MOPS, 50 mM NaCl, 100 mM Na2SO4, 5 mM EDTA15N_13C_R97W10% D2O90% H2O/10% D2O
solution30.88 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 15N_13C_R97W99% D2O, 99% D2O0.88 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] R97W, 10 mM MOPS, 50 mM NaCl, 100 mM Na2SO4, 5 mM EDTA15N_13C_R97W99% D2O99% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.88 mM15N_R97W[U-99% 15N]1
0.88 mM15N_13C_R97W10% D2O[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.88 mM15N_13C_R97W99% D2O[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 160 mM / Label: MOPS / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRFAM-SPARKYLee W., Tonelli M., Markley J. L.chemical shift assignment
ARIA2alphaCNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA2alphaCNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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