+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x1f | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of an omega-transaminase mutant from Aspergillus terreus with in complex with PLP | |||||||||
![]() | D-aminoacid aminotransferase-like PLP-dependent enzyme | |||||||||
![]() | TRANSLOCASE / w-transaminase / furfuramine | |||||||||
機能・相同性 | ![]() aspartate biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hu, D. / Lu, Z.Y. / Xu, D.Z. / He, Y.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Efficient bioamination with an w-transaminase mutant from Aspergillus terreus 著者: He, Y.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 108.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37376.672 Da / 分子数: 2 / 変異: I77L,Q97E,H210N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATEG_10023 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.73 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM citrate buffer (pH 5.6) 200 mM ammonium acetate 30% (w/v) PEG-MME 4000 0.1 mM pyridoxal phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→47 Å / Num. obs: 46471 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 34.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Num. unique obs: 4593 / Rpim(I) all: 0.446 / Rrim(I) all: 0.716 / % possible all: 98.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.916 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→47 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|