PDB-8x1a: Crystal structure of periplasmic G6P binding protein VcA0625

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x1a

タイトル

Crystal structure of periplasmic G6P binding protein VcA0625

要素

Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Vibrio cholerae / ABC transporter / periplasmic ligand binding protein

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.604 Å

データ登録者

Dasgupta, J. / Saha, I.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural insights in to the atypical type-I ABC Glucose-6-phosphate importer VCA0625-27 of Vibrio cholerae.
著者: Saha, I. / Ghosh, B. / Dasgupta, J.

履歴

登録	2023年11月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x1a.cif.gz	139.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x1a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x1a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x1a_validation.pdf.gz	815.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x1a_full_validation.pdf.gz	816.4 KB	表示
XML形式データ	8x1a_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8x1a_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1a	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.288, 63.312, 75.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein

分子量: 35413.684 Da / 分子数: 1 / 変異: A296T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_0625 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AFK0

#2: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.35 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 400, phosphate-citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.6 Å / Num. obs: 36010 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.344 / Num. unique obs: 1545

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.604→31.47 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	1774	4.94 %
R_work	0.1633	-	-
obs	0.1649	35944	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.604→31.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2468	0	16	217	2701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.41	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.156	933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	445

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6043-1.6477	0.2838	122	0.2363	2384	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6477-1.6961	0.2842	137	0.2047	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6961-1.7509	0.2292	125	0.1948	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7509-1.8135	0.2476	153	0.1805	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8135-1.8861	0.1988	130	0.1814	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8861-1.9719	0.2421	136	0.1755	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9719-2.0758	0.2234	149	0.169	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0758-2.2059	0.1748	138	0.162	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2059-2.3761	0.2056	147	0.1534	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3761-2.6151	0.1949	133	0.1536	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6151-2.9933	0.1782	135	0.1585	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9933-3.7702	0.1936	144	0.147	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7702-31.4662	0.1419	125	0.1533	2791	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3494	0.1723	0.0408	1.5284	-0.6433	1.0861	0.0302	0.0728	-0.0905	-0.1129	-0.0062	0.0187	0.0953	-0.0253	-0.0213	0.1056	0.0017	-0.0068	0.1061	-0.0139	0.0976	-10.735	-14.8067	0.5441
2	2.4902	0.4854	-0.1548	3.1836	-1.9329	4.3675	-0.0088	-0.0638	0.2241	0.231	0.1141	0.1175	-0.2698	-0.2441	-0.0751	0.101	0.0307	0.0057	0.1581	-0.0047	0.1645	-21.6032	-2.7189	6.993
3	0.9592	0.5427	0.1892	1.2425	0.2792	0.4769	-0.0209	0.0005	0.0457	-0.0233	0.0077	-0.0947	-0.069	0.0432	-0.0025	0.1069	0.0066	-0.0029	0.1015	0.0043	0.1043	5.5845	7.967	6.5711
4	3.1478	-1.9253	1.0579	1.9546	-0.5559	0.6667	-0.0877	0.2519	0.2315	-0.0808	-0.0579	-0.114	0.0106	0.0365	0.1509	0.1721	-0.0242	-0.0098	0.1267	0.0064	0.1378	6.4576	11.6638	-2.659
5	2.454	2.3895	2.3754	2.5102	1.8487	4.9974	0.0433	-0.0078	-0.2665	-0.0272	0.1068	-0.3778	0.1531	0.2611	-0.133	0.1053	0.0122	0.011	0.1214	-0.0147	0.1594	11.0837	-2.9351	6.1802
6	0.9577	0.8522	0.3725	1.5482	0.1615	0.3178	0.0125	-0.0057	-0.0193	-0.0167	-0.0046	-0.0002	0.0017	-0.0009	-0.016	0.0956	0.0072	0.0048	0.1005	-0.0066	0.0877	-5.2613	-5.1139	8.863
7	0.7681	0.5543	-0.3854	0.9648	-0.4631	1.4497	0.0427	-0.0575	0.0349	0.0845	-0.0122	0.0519	-0.0624	-0.0104	-0.0331	0.1264	0.0106	0.0046	0.1204	-0.0074	0.1304	-9.7683	-2.08	14.9401
8	5.5293	-0.4474	0.9859	3.7174	-0.0476	3.3205	-0.0161	0.0861	-0.086	-0.2437	-0.0224	-0.1598	-0.0392	0.2303	0.045	0.1587	0.0031	0.0055	0.1358	0.0157	0.1254	-2.5742	7.7593	-10.0074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid -2 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 79 through 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 100 through 162 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 163 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 182 through 197 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 198 through 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 252 through 299 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 300 through 316 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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