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- PDB-8x1a: Crystal structure of periplasmic G6P binding protein VcA0625 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x1a
タイトルCrystal structure of periplasmic G6P binding protein VcA0625
要素Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Vibrio cholerae / ABC transporter / periplasmic ligand binding protein
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.604 Å
データ登録者Dasgupta, J. / Saha, I.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other private インド
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural insights in to the atypical type-I ABC Glucose-6-phosphate importer VCA0625-27 of Vibrio cholerae.
著者: Saha, I. / Ghosh, B. / Dasgupta, J.
履歴
登録2023年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6742
ポリマ－35,4141
非ポリマー2601
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.288, 63.312, 75.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein


分子量: 35413.684 Da / 分子数: 1 / 変異: A296T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_0625 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AFK0
#2: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.35 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 400, phosphate-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 294.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.6 Å / Num. obs: 36010 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Num. unique obs: 1545

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.604→31.47 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 1774 4.94 %
Rwork0.1633 --
obs0.1649 35944 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.604→31.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 16 217 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.413433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.156933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6043-1.64770.28381220.23632384X-RAY DIFFRACTION91
1.6477-1.69610.28421370.20472598X-RAY DIFFRACTION98
1.6961-1.75090.22921250.19482598X-RAY DIFFRACTION99
1.7509-1.81350.24761530.18052598X-RAY DIFFRACTION99
1.8135-1.88610.19881300.18142615X-RAY DIFFRACTION99
1.8861-1.97190.24211360.17552640X-RAY DIFFRACTION100
1.9719-2.07580.22341490.1692628X-RAY DIFFRACTION100
2.0758-2.20590.17481380.1622638X-RAY DIFFRACTION99
2.2059-2.37610.20561470.15342645X-RAY DIFFRACTION99
2.3761-2.61510.19491330.15362645X-RAY DIFFRACTION99
2.6151-2.99330.17821350.15852681X-RAY DIFFRACTION99
2.9933-3.77020.19361440.1472709X-RAY DIFFRACTION99
3.7702-31.46620.14191250.15332791X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34940.17230.04081.5284-0.64331.08610.03020.0728-0.0905-0.1129-0.00620.01870.0953-0.0253-0.02130.10560.0017-0.00680.1061-0.01390.0976-10.735-14.80670.5441
22.49020.4854-0.15483.1836-1.93294.3675-0.0088-0.06380.22410.2310.11410.1175-0.2698-0.2441-0.07510.1010.03070.00570.1581-0.00470.1645-21.6032-2.71896.993
30.95920.54270.18921.24250.27920.4769-0.02090.00050.0457-0.02330.0077-0.0947-0.0690.0432-0.00250.10690.0066-0.00290.10150.00430.10435.58457.9676.5711
43.1478-1.92531.05791.9546-0.55590.6667-0.08770.25190.2315-0.0808-0.0579-0.1140.01060.03650.15090.1721-0.0242-0.00980.12670.00640.13786.457611.6638-2.659
52.4542.38952.37542.51021.84874.99740.0433-0.0078-0.2665-0.02720.1068-0.37780.15310.2611-0.1330.10530.01220.0110.1214-0.01470.159411.0837-2.93516.1802
60.95770.85220.37251.54820.16150.31780.0125-0.0057-0.0193-0.0167-0.0046-0.00020.0017-0.0009-0.0160.09560.00720.00480.1005-0.00660.0877-5.2613-5.11398.863
70.76810.5543-0.38540.9648-0.46311.44970.0427-0.05750.03490.0845-0.01220.0519-0.0624-0.0104-0.03310.12640.01060.00460.1204-0.00740.1304-9.7683-2.0814.9401
85.5293-0.44740.98593.7174-0.04763.3205-0.01610.0861-0.086-0.2437-0.0224-0.1598-0.03920.23030.0450.15870.00310.00550.13580.01570.1254-2.57427.7593-10.0074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid -2 through 78 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 79 through 99 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 100 through 162 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 163 through 181 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 182 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 198 through 251 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 252 through 299 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 300 through 316 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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