PDB-8x18: Xanthomonas campestris pv. campestris OpgD mutant-D379N with beta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x18

タイトル

Xanthomonas campestris pv. campestris OpgD mutant-D379N with beta-1,2-glucan

要素

Glucans biosynthesis protein D

キーワード

TRANSFERASE / transglycosylase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucan biosynthetic process / catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Motouchi, S. / Nakajima, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Anomer-Inverting Transglycosylase: Cyclic Glucohexadecaose-Producing Enzyme from Xanthomonas , a Phytopathogen.
著者: Motouchi, S. / Komba, S. / Nakai, H. / Nakajima, M.

履歴

登録	2023年11月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8x18.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8x18_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x18_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8x18_validation.xml.gz	49.4 KB	表示
CIF形式データ	8x18_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x18	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (2)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucans biosynthesis protein D

B: Glucans biosynthesis protein D

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.878, 171.878, 128.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glucans biosynthesis protein D 分子量: 60899.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 (バクテリア) 株: ATCC 33913 / 遺伝子: opgD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8P3C6

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 3585.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,22,21/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1_i2-j1_j2-k1_k2-l1_l2-m1_m2-n1_n2-o1_o2-p1_p2-q1_q2-r1_r2-s1_s2-t1_t2-u1_u2-v1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1801.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,11,10/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1_i2-j1_j2-k1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1639.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,10,9/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1_i2-j1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 549分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Bis-Tris HCl (pH5.5), Ammonium sulfate, glycerol, beta-1,2-glucan

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48.723 Å / Num. obs: 102253 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 5064 / CC_1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→48.723 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1761	5213	5.1 %
R_work	0.1726	96994	-
all	0.173	-	-
obs	-	102207	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.145 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.632 Å²	-0.316 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.632 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7947	0	524	541	9012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	8713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.666	11832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.837	1.574	18168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.977	5	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.316	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.57	10	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.14	10	411
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.409	0.2	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.229	0.2	7148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.042	3.025	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.042	3.025	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.377	5.417	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.377	5.417	4959
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.297	3.524	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.297	3.524	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.37	6.228	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.369	6.227	6875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.942	30.572	9458
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.951	30.457	9374

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.25-2.308	0.227	409	0.217	7127	0.218	7536	0.968	0.97	0.19
2.308-2.371	0.23	369	0.222	6930	0.222	7299	0.967	0.969	0.192
2.371-2.44	0.226	381	0.212	6782	0.212	7163	0.969	0.972	0.182
2.44-2.515	0.219	336	0.197	6576	0.198	6912	0.973	0.976	0.169
2.515-2.597	0.194	382	0.19	6319	0.19	6701	0.978	0.978	0.16
2.597-2.688	0.186	326	0.181	6188	0.181	6514	0.979	0.98	0.153
2.688-2.789	0.164	309	0.182	5966	0.181	6275	0.983	0.98	0.154
2.789-2.903	0.17	299	0.176	5739	0.176	6038	0.982	0.981	0.151
2.903-3.031	0.17	320	0.168	5484	0.168	5804	0.982	0.983	0.145
3.031-3.179	0.162	303	0.165	5223	0.165	5526	0.985	0.984	0.148
3.179-3.35	0.17	269	0.168	5022	0.169	5291	0.982	0.984	0.155
3.35-3.552	0.184	237	0.167	4747	0.168	4984	0.983	0.986	0.157
3.552-3.796	0.177	225	0.168	4460	0.169	4685	0.985	0.986	0.161
3.796-4.098	0.158	186	0.144	4201	0.145	4387	0.985	0.989	0.139
4.098-4.486	0.134	217	0.13	3817	0.13	4034	0.989	0.99	0.128
4.486-5.01	0.137	197	0.137	3462	0.137	3659	0.989	0.99	0.137
5.01-5.775	0.155	146	0.167	3094	0.167	3240	0.988	0.986	0.165
5.775-7.048	0.206	142	0.206	2610	0.206	2752	0.98	0.979	0.2
7.048-9.865	0.191	99	0.19	2061	0.19	2160	0.983	0.979	0.193
9.865-48.723	0.226	61	0.222	1186	0.222	1247	0.968	0.969	0.236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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