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万見
- PDB-8x0y: Crystal structure of JM-1A in complex with SARS-CoV-2 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x0y
タイトルCrystal structure of JM-1A in complex with SARS-CoV-2 RBD
要素
  • Heavy chain of JM-1A Fab
  • Light chain of JM-1A Fab
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / broad neutralization / class 1/2 / Omicron variants / vaccine / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Mohapatra, A. / Chen, X.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: The presence of broadly neutralizing anti-SARS-CoV-2 RBD antibodies elicited by primary series and booster dose of COVID-19 vaccine.
著者: Xiaorui Chen / Arpita Mohapatra / Hong Thuy Vy Nguyen / Lisa Schimanski / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Cheng-Pin Chen / Shu-Hsing Cheng / Wen-Hsin Lee / Yu-Chi Chou / Alain R Townsend / ...著者: Xiaorui Chen / Arpita Mohapatra / Hong Thuy Vy Nguyen / Lisa Schimanski / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Cheng-Pin Chen / Shu-Hsing Cheng / Wen-Hsin Lee / Yu-Chi Chou / Alain R Townsend / Che Ma / Kuan-Ying A Huang /
要旨: Antibody-mediated immunity plays a key role in protection against SARS-CoV-2. We characterized B-cell-derived anti-SARS-CoV-2 RBD antibody repertoires from vaccinated and infected individuals and ...Antibody-mediated immunity plays a key role in protection against SARS-CoV-2. We characterized B-cell-derived anti-SARS-CoV-2 RBD antibody repertoires from vaccinated and infected individuals and elucidate the mechanism of action of broadly neutralizing antibodies and dissect antibodies at the epitope level. The breadth and clonality of anti-RBD B cell response varies among individuals. The majority of neutralizing antibody clones lose or exhibit reduced activities against Beta, Delta, and Omicron variants. Nevertheless, a portion of anti-RBD antibody clones that develops after a primary series or booster dose of COVID-19 vaccination exhibit broad neutralization against emerging Omicron BA.2, BA.4, BA.5, BQ.1.1, XBB.1.5 and XBB.1.16 variants. These broadly neutralizing antibodies share genetic features including a conserved usage of the IGHV3-53 and 3-9 genes and recognize three clustered epitopes of the RBD, including epitopes that partially overlap the classically defined set identified early in the pandemic. The Fab-RBD crystal and Fab-Spike complex structures corroborate the epitope grouping of antibodies and reveal the detailed binding mode of broadly neutralizing antibodies. Structure-guided mutagenesis improves binding and neutralization potency of antibody with Omicron variants via a single amino-substitution. Together, these results provide an immunological basis for partial protection against severe COVID-19 by the ancestral strain-based vaccine and indicate guidance for next generation monoclonal antibody development and vaccine design.
履歴
登録2023年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spike protein S1
E: Heavy chain of JM-1A Fab
F: Light chain of JM-1A Fab
A: Spike protein S1
G: Heavy chain of JM-1A Fab
I: Light chain of JM-1A Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,50010
ポリマ－136,2286
非ポリマー1,2724
水18,7721042
1
B: Spike protein S1
E: Heavy chain of JM-1A Fab
F: Light chain of JM-1A Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8156
ポリマ－68,1143
非ポリマー7013
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26920 Å2
手法PISA
2
A: Spike protein S1
G: Heavy chain of JM-1A Fab
I: Light chain of JM-1A Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6854
ポリマ－68,1143
非ポリマー5711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.359, 107.030, 87.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-505-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 EGFI

#2: 抗体 Heavy chain of JM-1A Fab


分子量: 23049.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Light chain of JM-1A Fab


分子量: 23061.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BA

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22002.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 1044分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1M lithium chloride, 0.1M citrate pH 4.0, 20% (w/v) polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→19.92 Å / Num. obs: 98913 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 9822 / CC1/2: 0.617 / CC star: 0.874 / Rpim(I) all: 0.589 / Rrim(I) all: 0.832 / Χ2: 0.84 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→19.92 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 4955 5.01 %
Rwork0.1939 --
obs0.1954 98881 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9584 0 1 1042 10627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03213381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2963488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.960.37251360.3153089X-RAY DIFFRACTION100
1.96-1.990.37191800.30013166X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.010.33241770.29753074X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.030.30631510.28683129X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.33531880.27093077X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.090.31321740.26873134X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.120.28681770.2533117X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.150.26711580.23993089X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.180.27771660.23893165X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.220.27251440.23253124X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.260.26921770.23063076X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.30.29861760.23263153X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.340.29171550.23283130X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.390.2831740.22443099X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.440.25361470.22563139X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.50.25441680.21863125X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.560.26271700.21493129X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.630.24741490.21143132X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.710.27771980.21533119X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.80.23841660.20943117X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.90.24041630.20613147X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.010.23541650.20513114X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.150.19721780.18823173X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.310.18791560.17483110X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.520.1841680.1683138X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.790.17171480.15343155X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.170.17361690.15133164X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.760.15181600.13373154X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.970.15661640.15263160X-RAY DIFFRACTION100
5.98-19.920.18621530.16483228X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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