[日本語] English
万見
- PDB-8x0t: Frizzled8 CRD in complex with pF8_AC3 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x0t
タイトルFrizzled8 CRD in complex with pF8_AC3 Fab
要素
  • Frizzled-8
  • pF8_AC3 Heavy chain
  • pF8_AC3 Light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antigen-antibody complex / cell signaling / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Signaling by RNF43 mutants / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / PDZ domain binding ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Signaling by RNF43 mutants / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / neuronal dense core vesicle / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / T cell differentiation in thymus / angiogenesis / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled 8, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled 8, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, N. / Ge, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFA0902700 中国
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2023
タイトル: Identification and functional validation of FZD8-specific antibodies.
著者: Li, N. / Ge, Q. / Guo, Q. / Tao, Y.
履歴
登録2023年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Frizzled-8
H: pF8_AC3 Heavy chain
L: pF8_AC3 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2533
ポリマ－63,2533
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.701, 76.149, 220.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Frizzled-8 / Fz-8 / hFz8


分子量: 15237.465 Da / 分子数: 1 / 変異: N49Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FZD8 CRD domain with N49Q point mutation and C-terminal 6xHis tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H461
#2: 抗体 pF8_AC3 Heavy chain


分子量: 25270.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 pF8_AC3 Light chain


分子量: 22745.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 32% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.88 Å / Num. obs: 21022 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 47.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1367 / Rpim(I) all: 0.0391 / Rrim(I) all: 0.1423 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.169 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 2074 / CC1/2: 0.867 / CC star: 0.964 / Rpim(I) all: 0.3372 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.88 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 1050 5 %0
Rwork0.238 ---
obs0.2397 20991 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4236 0 0 37 4273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7125935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8951568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.610.40011340.32522459X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.750.42451260.32242455X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.920.37451280.30442451X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.150.37031390.29872446X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.470.29561160.26422509X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.970.28071490.22652475X-RAY DIFFRACTION100
3.97-50.21581210.18572514X-RAY DIFFRACTION100
5-46.880.25841380.20632633X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る