PDB-8x0o: Crystal structure of Tyrosine decarboxylase H203F mutant in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x0o

タイトル

Crystal structure of Tyrosine decarboxylase H203F mutant in complex with the cofactor PLP and Tyrosine

要素

Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

キーワード

LYASE / complex / decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-dopa decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / carboxylic acid metabolic process / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Papaver somniferum (ケシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Wang, H. / Yu, J. / Yao, M.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tyrosine decarboxylase H203F mutant in complex with the cofactor PLP and Tyrosine
著者: Wang, H. / Yu, J. / Yao, M.

履歴

登録	2023年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x0o.cif.gz	693.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x0o.ent.gz	463.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/8x0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/8x0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

B: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

C: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

D: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

E: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

F: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

ヘテロ分子

359 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

B: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

D: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

F: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	218.550, 118.500, 181.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Tyrosine/DOPA decarboxylase 2 分子量: 59660.742 Da / 分子数: 6 / 変異: H203F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: TYDC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54769
#2: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Sodium malonate 0.8M HEPES pH7.0 0.1M TCEP-HCl 0.005M Glycerol 4%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→48.41 Å / Num. obs: 68655 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 41.48 Å² / CC_1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 4.99
反射シェル	解像度: 3.35→3.47 Å / Num. unique obs: 6698 / CC_1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.35→48.41 Å / SU ML: 0.427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.7774
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2789	3427	5 %
R_work	0.2343	65167	-
obs	0.2365	68594	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→48.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22888	0	50	0	22938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0013	23504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4246	31918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0375	3544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	4048
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.6528	13856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.35-3.4	0.3616	142	0.3036	2630	X-RAY DIFFRACTION	97.67
3.4-3.45	0.3478	140	0.2864	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.45-3.5	0.3119	141	0.2732	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.56	0.3371	139	0.2647	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.62	0.3594	142	0.2574	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.62-3.68	0.3215	144	0.2431	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.68-3.76	0.2769	140	0.2336	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.76-3.83	0.286	138	0.2398	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-3.92	0.2683	141	0.2436	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.92-4.01	0.2606	146	0.2314	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.01-4.11	0.265	145	0.2196	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.11-4.22	0.2577	141	0.2024	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.22-4.34	0.2421	144	0.2103	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.34-4.48	0.2415	137	0.2115	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-4.64	0.2578	138	0.2005	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-4.83	0.2354	150	0.2144	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.83-5.05	0.2736	139	0.2145	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.05-5.31	0.2583	146	0.2331	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.31-5.64	0.3133	144	0.2461	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.64-6.08	0.2891	142	0.2504	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.72
6.08-6.69	0.2901	147	0.2503	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.69-7.65	0.2635	142	0.2331	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.86
7.65-9.63	0.2223	148	0.2113	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.9
9.63-48.41	0.2925	151	0.2362	2907	X-RAY DIFFRACTION	98.87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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