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- PDB-8x0j: old yellow enzymes-Q102A/Y169F/R215A/R308A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x0j
タイトルold yellow enzymes-Q102A/Y169F/R215A/R308A
要素NADPH dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ene reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / response to toxic substance / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase, bacteria / NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / NADPH dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Lei, W. / Wei, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unlocking the function promiscuity of old yellow enzyme to catalyze asymmetric Morita-Baylis-Hillman reaction
著者: Lei, W. / Wei, S.
履歴
登録2023年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase
B: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,81611
ポリマ－74,9612
非ポリマー8559
水00
1
A: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,91112
ポリマ－74,9612
非ポリマー95010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
2
B: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子

B: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,72110
ポリマ－74,9612
非ポリマー7608
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554-x+1/2,y,-z-11
Buried area3750 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.060, 143.570, 155.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

PO4

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要素

#1: タンパク質 NADPH dehydrogenase / Old yellow enzyme


分子量: 37480.543 Da / 分子数: 2 / 変異: Q102A,Y169F,R215A,R308A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア)
遺伝子: namA, GK2332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KXG9, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: glycine,PEG 2000,glycerinum

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月11日 / 詳細: MULTILAYER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→45.74 Å / Num. obs: 17476 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.11→3.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.494 / Num. unique obs: 3128

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PRIME-X5.8.0267精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 20.894 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26484 881 5 %RANDOM
Rwork0.21513 ---
obs0.21757 17476 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.85 Å2-0 Å20 Å2
2---1.74 Å2-0 Å2
3----3.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.11→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5270 0 45 0 5315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9647386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.726311716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5945677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62223.077247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24915865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9831548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3233.5282714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3213.5272713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3175.2873389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3175.2873390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1973.7282719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1453.6732684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0225.4593944
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.7141.6516064
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.70941.6516065
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11259 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.188 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 62 -
Rwork0.322 1202 -
obs--98.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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