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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wzl | |||||||||
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タイトル | Arabidopsis thaliana Histone deacetylase 7 (HDA7) | |||||||||
![]() | Histone deacetylase 7 | |||||||||
![]() | GENE REGULATION / Histone Deacetylase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() embryo sac development / seed germination / embryo development ending in seed dormancy / histone deacetylase / histone deacetylase activity / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Saharan, K. / Vasudevan, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-function analyses reveal Arabidopsis thaliana HDA7 to be an inactive histone deacetylase. 著者: Saharan, K. / Baral, S. / Shaikh, N.H. / Vasudevan, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43588.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HDA7, At5g35600, K2K18.5 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.74 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→43.9 Å / Num. obs: 47979 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.93 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2387 / CC1/2: 0.703 / % possible all: 96.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.675 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→43.9 Å
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拘束条件 |
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