PDB-8wzd: The Crystal Structure of PKCi from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wzd

タイトル

The Crystal Structure of PKCi from Biortus

要素

Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1

キーワード

HYDROLASE / Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Protein kinase C-interacting protein 1

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Ni, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of PKCi from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Ni, C.

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wzd.cif.gz	64.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wzd.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wzd_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wzd_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	8wzd_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	8wzd_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1

B: Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1

27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.760, 75.047, 80.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 12 - 125 / Label seq-ID: 12 - 125

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1 / Desumoylating isopeptidase HINT1 / Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Protein kinase C ...Desumoylating isopeptidase HINT1 / Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13756.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; -, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1 / Desumoylating isopeptidase HINT1 / Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Protein kinase C ...

分子量: 13756.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; -, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Na2tartrate, 0.1M Hepes pH7.0, 20% SOKALAN PA25 CL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→45.76 Å / Num. obs: 17997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.942 / Num. unique obs: 1368

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→40.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.785 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	1014	5.65 %
R_work	0.1705	16934	-
all	0.173	-	-
obs	-	17948	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.127 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.26 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.639 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1779	0	0	207	1986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.647	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.453	1.584	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.523	5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.295	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.92	10	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.664	10	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	341
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.121	2.971	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.122	2.971	921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.952	4.442	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.951	4.442	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.25	3.258	899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.249	3.258	899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.647	4.774	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.645	4.774	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.878	42.674	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.778	39.757	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.117	0.05	3288

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11682	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11682	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.228	70	0.253	1232	0.251	1303	0.949	0.937	99.9233	0.225
2.103-2.161	0.299	69	0.249	1196	0.252	1265	0.925	0.941	100	0.219
2.161-2.223	0.27	63	0.23	1159	0.232	1222	0.937	0.95	100	0.199
2.223-2.291	0.255	70	0.214	1152	0.216	1223	0.956	0.959	99.9182	0.182
2.291-2.366	0.257	53	0.206	1091	0.209	1144	0.94	0.964	100	0.175
2.366-2.449	0.219	43	0.185	1093	0.186	1136	0.964	0.971	100	0.154
2.449-2.541	0.245	64	0.192	1034	0.195	1099	0.966	0.972	99.909	0.156
2.541-2.644	0.241	52	0.184	991	0.187	1043	0.966	0.976	100	0.155
2.644-2.761	0.266	56	0.179	962	0.184	1018	0.963	0.979	100	0.151
2.761-2.895	0.178	55	0.162	917	0.163	972	0.977	0.982	100	0.141
2.895-3.051	0.242	56	0.168	874	0.173	930	0.966	0.981	100	0.148
3.051-3.235	0.213	68	0.162	797	0.165	865	0.967	0.984	100	0.145
3.235-3.457	0.216	55	0.15	775	0.154	830	0.972	0.985	100	0.14
3.457-3.732	0.168	58	0.143	715	0.145	774	0.983	0.988	99.8708	0.137
3.732-4.084	0.177	43	0.141	678	0.144	721	0.986	0.988	100	0.137
4.084-4.56	0.172	36	0.124	622	0.126	659	0.984	0.99	99.8483	0.125
4.56-5.255	0.194	34	0.118	541	0.121	577	0.986	0.992	99.6534	0.122
5.255-6.408	0.232	31	0.168	480	0.171	512	0.973	0.983	99.8047	0.166
6.408-8.949	0.269	24	0.187	385	0.191	409	0.959	0.979	100	0.19
8.949-40.165	0.209	14	0.204	241	0.204	257	0.961	0.97	99.2218	0.226

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