PDB-8wzc: NYN domain of human KHNYN complex with RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wzc

タイトル

NYN domain of human KHNYN complex with RNA

要素

Protein KHNYN
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*U)-3')

キーワード

HYDROLASE/RNA / KHNYN / endonuclease / regnase / regulation / homeostasis / RNA binding / RNase / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.925 Å

データ登録者

Hong, S. / Choe, J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of NYN domain of Human KHNYN in complex with single strand RNA.
著者: Hong, S. / Choe, J.

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wzc.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wzc.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein KHNYN

D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*U)-3')

ヘテロ分子

20.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.197, 111.197, 111.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-898- HOH

#1: タンパク質	Protein KHNYN 分子量: 18730.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHNYN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15037
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPUPUPAPU)-3') 分子量: 1508.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG4000, calcium chloride, 1-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97495 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97495 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 18429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 104 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 53.2875
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / Num. unique obs: 1243 / CC_1/2: 0.424 / CC star: 0.772

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.925→49.729 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.204 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 5.934 / SU ML: 0.088 / Average fsc free: 0.9676 / Average fsc work: 0.9763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	976	5.307 %
R_work	0.1797	17415	-
all	0.181	-	-
obs	-	18391	99.891 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.925→49.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1320	102	20	167	1609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.661	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.52	1.586	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.146	5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.183	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.092	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.263	10	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.229	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	739
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.303	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.028	3.445	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.022	3.445	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.221	6.148	812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.218	6.157	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.277	4.669	828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.273	4.676	829
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.042	8.369	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.038	8.376	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.463	42.591	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.46	42.612	1739

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.925-1.975	0.269	70	0.233	1243	0.235	1322	0.95	0.964	99.3192	0.187
1.975-2.029	0.274	70	0.213	1229	0.216	1301	0.953	0.969	99.8463	0.173
2.029-2.087	0.25	75	0.211	1160	0.213	1235	0.963	0.97	100	0.172
2.087-2.151	0.243	64	0.213	1169	0.215	1234	0.96	0.969	99.919	0.179
2.151-2.222	0.212	65	0.198	1131	0.199	1196	0.972	0.973	100	0.161
2.222-2.3	0.252	80	0.188	1065	0.193	1145	0.962	0.976	100	0.157
2.3-2.386	0.229	45	0.191	1069	0.193	1117	0.968	0.976	99.7314	0.158
2.386-2.483	0.227	53	0.178	1029	0.18	1082	0.96	0.979	100	0.147
2.483-2.594	0.192	65	0.173	961	0.174	1026	0.978	0.981	100	0.146
2.594-2.72	0.232	53	0.172	949	0.175	1002	0.97	0.981	100	0.15
2.72-2.866	0.201	51	0.154	903	0.156	954	0.971	0.985	100	0.137
2.866-3.04	0.183	37	0.162	851	0.162	888	0.981	0.983	100	0.144
3.04-3.249	0.225	37	0.178	815	0.18	852	0.967	0.981	100	0.164
3.249-3.508	0.179	41	0.179	762	0.179	803	0.982	0.981	100	0.174
3.508-3.841	0.168	42	0.163	697	0.163	739	0.981	0.984	100	0.161
3.841-4.291	0.154	42	0.152	642	0.152	684	0.984	0.985	100	0.154
4.291-4.948	0.177	35	0.147	571	0.148	606	0.978	0.987	100	0.155
4.948-6.046	0.193	14	0.186	510	0.186	524	0.982	0.98	100	0.197
6.046-8.487	0.31	24	0.227	399	0.233	423	0.961	0.968	100	0.243
8.487-49.729	0.273	13	0.229	260	0.231	276	0.966	0.968	98.913	0.256

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3651	-0.1102	0.0593	0.1187	0.0147	0.065	0.0404	0.0521	0.0326	0.0039	-0.0397	0.0033	0.0106	0.004	-0.0007	0.0119	0.0095	0.0154	0.0313	0.0172	0.029	72.5598	87.812	53.8422
2	0.1438	-0.4392	-0.143	1.3414	0.4371	0.1429	0.0051	0.0003	-0.0179	-0.0504	-0.0099	0.0549	-0.015	0.006	0.0048	0.0252	0.0138	0.0044	0.0625	-0.0125	0.018	75.2751	75.1514	49.676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	474 - 703
2	X-RAY DIFFRACTION	2		D	3 - 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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