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- PDB-8wy1: The structure of cyclization domain in cyclic beta-1,2-glucan syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wy1
タイトルThe structure of cyclization domain in cyclic beta-1,2-glucan synthase from Thermoanaerobacter italicus
要素Glycosyltransferase 36
キーワードTRANSFERASE / Cyclization / glycosyltransferase / cyclic beta-1 / 2-glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3131 / Protein of unknown function (DUF3131) / NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / : / Glycosyl hydrolase 94 ...Protein of unknown function DUF3131 / Protein of unknown function (DUF3131) / NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyl hydrolase 94, supersandwich domain / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 94 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyltransferase 36
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter italicus Ab9 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Tanaka, N. / Saito, R. / Kobayashi, K. / Nakai, H. / Kamo, S. / Kuramochi, K. / Taguchi, H. / Nakajima, M. / Masaike, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: Functional and structural analysis of a cyclization domain in a cyclic beta-1,2-glucan synthase.
著者: Tanaka, N. / Saito, R. / Kobayashi, K. / Nakai, H. / Kamo, S. / Kuramochi, K. / Taguchi, H. / Nakajima, M. / Masaike, T.
履歴
登録2023年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase 36
B: Glycosyltransferase 36
C: Glycosyltransferase 36
D: Glycosyltransferase 36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,5164
ポリマ－278,5164
非ポリマー00
水00
1
A: Glycosyltransferase 36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6291
ポリマ－69,6291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycosyltransferase 36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6291
ポリマ－69,6291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycosyltransferase 36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6291
ポリマ－69,6291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycosyltransferase 36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6291
ポリマ－69,6291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.719, 172.719, 395.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA1011 - 15828 - 579
21THRTHRBB1011 - 15828 - 579
12THRTHRAA1011 - 15828 - 579
22THRTHRCC1011 - 15828 - 579
13GLUGLUAA1011 - 15848 - 581
23GLUGLUDD1011 - 15848 - 581
14ARGARGBB1011 - 15838 - 580
24ARGARGCC1011 - 15838 - 580
15THRTHRBB1011 - 15828 - 579
25THRTHRDD1011 - 15828 - 579
16THRTHRCC1011 - 15828 - 579
26THRTHRDD1011 - 15828 - 579

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Glycosyltransferase 36


分子量: 69628.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter italicus Ab9 (バクテリア)
遺伝子: Thit_1831 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: D3T4C1

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 1.3M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→89.6 Å / Num. obs: 55512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.9→4.01 Å / Num. unique obs: 4497 / CC1/2: 0.851

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
BUCCANEERモデル構築
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→89.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 36.199 / SU ML: 0.456 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23237 2738 4.9 %RANDOM
Rwork0.19819 ---
obs0.19991 52696 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.9→89.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18842 0 0 0 18842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01319238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01618648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.64725916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1671.58243086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88152290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53623.4261010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.671153704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8871592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.22446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.07311.5759172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.06711.5759171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.25117.37111458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.25117.37111459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.9512.36910066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.94812.36810064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.88418.22114458
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.28822868
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.28822869
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A194310.13
12B194310.13
21A194150.14
22C194150.14
31A191520.15
32D191520.15
41B193280.14
42C193280.14
51B190770.15
52D190770.15
61C192750.14
62D192750.14
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 207 -
Rwork0.319 3833 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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