[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8wy1: The structure of cyclization domain in cyclic beta-1,2-glucan syn... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8wy1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of cyclization domain in cyclic beta-1,2-glucan synthase from Thermoanaerobacter italicus | ||||||
Components | Glycosyltransferase 36 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Cyclization / glycosyltransferase / cyclic beta-1 / 2-glucan | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoanaerobacter italicus Ab9 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.9 Å | ||||||
Authors | Tanaka, N. / Saito, R. / Kobayashi, K. / Nakai, H. / Kamo, S. / Kuramochi, K. / Taguchi, H. / Nakajima, M. / Masaike, T. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Appl.Microbiol.Biotechnol. / Year: 2024 Title: Functional and structural analysis of a cyclization domain in a cyclic beta-1,2-glucan synthase. Authors: Tanaka, N. / Saito, R. / Kobayashi, K. / Nakai, H. / Kamo, S. / Kuramochi, K. / Taguchi, H. / Nakajima, M. / Masaike, T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8wy1.cif.gz | 465 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8wy1.ent.gz | 380.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8wy1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8wy1_validation.pdf.gz | 475.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8wy1_full_validation.pdf.gz | 539.9 KB | Display | |
Data in XML | 8wy1_validation.xml.gz | 80.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8wy1_validation.cif.gz | 108 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/8wy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/8wy1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 69628.906 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter italicus Ab9 (bacteria) Gene: Thit_1831 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Rosetta2 (DE3) / References: UniProt: D3T4C1 |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.3 Å3/Da / Density % sol: 76.78 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1M sodium cacodylate, 1.3M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.9→89.6 Å / Num. obs: 55512 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.9→4.01 Å / Num. unique obs: 4497 / CC1/2: 0.851 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.9→89.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 36.199 / SU ML: 0.456 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.551 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.9→89.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|